Les Chlamydiae sont des eubactéries à développement intracellulaire obligatoire. Trois espèces sont responsables de chlamydioses chez l'homme, Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae et Chlamydia psittaci. C. trachomatis est, en France, le principal agent bactérien responsable d'infections sexuellement transmissibles (IST). Très souvent asymptomatique, l'infection reste non détectée. Le diagnostic est basé sur la recherche directe par amplification génique avec des outils commercialisés. Le sérodiagnostic a un intérêt dans l'évaluation de l'extension de la maladie. Le traitement des IST non compliquées à C. trachomatis repose sur le traitement du patient et de ses partenaires (azithromycine monodose, ou doxycycline 7 jours) associé aux mesures de prévention recommandées. L'épidémie actuelle de lymphogranulomatose vénérienne (LGV) rectale impose une surveillance microbiologique et clinique des patients présentant une rectite. Seul le typage de la souche permet le diagnostic de LGV. C. pneumoniae est responsable de pneumopathies atypiques communautaires le plus souvent bénignes. Les techniques sérologiques utilisées pour le diagnostic pourraient être abandonnées au profit de techniques directes telles que l'amplification génique avec des trousses commercialisées, sensibles et spécifiques. C. psittaci, espèce d'origine aviaire, contamine l'homme occasionnellement par contact avec des oiseaux malades ou porteurs sains dans les élevages, à l'abattage, ou encore au domicile. La psittacose est responsable chez l'homme d'une infection respiratoire pouvant être sévère. Le diagnostic repose sur un faisceau d'arguments cliniques, épidémiologiques et biologiques, et le traitement sur des cyclines.