Durant cette période, ce sont succédés essentiellement 5 anatomistes de grand renon.

La tourmente révolutionnaire touche l’anatomie par la dissolution des facultés et des écoles de médecine.

J.M. Delpech, pendant un an, à partir de 1802, réalise bénévolement des cours d’anatomie en l’absence de toute structure. Faute de concours, il part à Montpellier.

Alexis Larrey reprend la chaire d’anatomie de 1803 à 1818 (l’école impériale de médecine et de chirurgie est créée en 1807 par un décret de Schönbrunn). On doit à A. Larrey la découverte et la formation initiale des deux plus grands chirurgiens de cette époque Dominique Jean Larrey (son neveu) et Jacques Mathieu Delpech.

Pierre Naudin (1793–1865) d’origine ariégeoise. Il passe sa thèse à Paris sur « les polypes utérins ». Il est prosecteur en 1807, professeur adjoint en 1809, et professeur d’anatomie et de physiologie en 1828. Il est membre adjoint de l’Académie de médecine. C’est un grand anatomiste, grand chirurgien mais également grand bâtisseur.

Constantin Louis Bonamy (1812–1887) originaire de la région nantaise. Passe sa thèse en 1839 sur quatre sujets (le placenta, le trépan, l’anasarque, les plantes) à Paris. Prosecteur à l’Hôtel Dieu chez Breschet. Il est professeur à Toulouse en 1844. Il réalise avec le dessinateur Paul Beau, les deux premiers tomes d’un très bel atlas d’anatomie descriptive du corps humain. Il se fâche avec son éditeur Masson. Le livre est alors poursuivi par Paul Broca pour les tomes 3 et 4. Un tour de passe-passe permet à l’éditeur de donner aux souscripteurs le 5^e tome sur la neurologie. En 1870, les chaires d’anatomie et de physiologie sont dédoublées.

Adrien Charpy (1848–1911), en 1870 il est chirurgien au fort de Bitche d’ou il sort avec les honneurs rendu à la garnison. Il passe sa thèse sur « les délires aigus » en 1873. Venant de Lyon il est professeur d’anatomie en 1886 à l’école de médecine, puis titulaire de la chaire en 1891, année de l’inauguration de la faculté mixte de médecine et de pharmacie. Il réalise de nombreux travaux, édite ses cours de splanchnologie. À partir de 1900, il travaille avec Poirier, Cuneo puis Nicolas au traité d’anatomie. Il organise en 1904 le congrès des anatomistes. Il édite également avec JAMES un guide anatomique aux musées de sculpture.

A. Soulie est professeur de 1912 à 1921, il écrit un précis d’anatomie topographique en 1911.

Henri Victor Vallois (1889–1981), il passe sa thèse en 1914 sur « le genou des primates ». Dés la déclaration de guerre il s’engage, il est fait prisonnier lors d’une intervention chirurgicale réalisée sous le feu des allemands. Il reste 20ans à Toulouse à partir de 1920. Formé à Montpellier, il développe l’anatomie comparée et l’anthropologie. Il étudie l’évolution et les races humaines, les hommes fossiles et les races anciennes. Il participe à la rédaction de la IV^e édition du « Poirier/Charpy ». Il aura comme prosecteur Lazorthes Guy. Il poursuit sa carrière à Paris directeur et professeur du futur « Musée de l’Homme » poste auquel lui succède Yves Coppens.