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Groupement automatisé de termes liés aux valvulopathies médicamenteuses dans MedDRA - 29/09/16

Automated grouping of terms associated to cardiac valve fibrosis in MedDRA

Doi : 10.1016/j.therap.2016.06.003 
Hadyl Asfari a, b, , Julien Souvignet a, b, Agnès Lillo-Le Louët c, Béatrice Trombert b, Marie-Christine Jaulent a, Cédric Bousquet a, b
a UMR_S 1142, Inserm, LIMICS, Sorbonne universités, UPMC université Paris 06, 75006 Paris, France 
b Service de santé publique et d’information médicale, hôpital nord, centre hospitalier universitaire de Saint-Etienne, 42270 Saint-Etienne, France 
c Centre régional de pharmacovigilance, hôpital européen Georges-Pompidou, AP–HP, 75015 Paris, France 

Auteur correspondant. Service de santé publique et d’information médicale, hôpital nord, centre hospitalier universitaire de Saint-Etienne, 42055 Saint-Etienne cedex 2, France.
Sous presse. Épreuves corrigées par l'auteur. Disponible en ligne depuis le Thursday 29 September 2016
Cet article a été publié dans un numéro de la revue, cliquez ici pour y accéder

Résumé

Objectif

Proposer une méthode de regroupement de termes medical dictionary for regulatory activities (MedDRA) alternative à l’approche habituelle : méthode hiérarchique (sélection de groupements de référence dans MedDRA) et/ou méthode textuelle (recherche de chaînes de caractères). Exemple des valvulopathies médicamenteuses.

Méthodes

Liste de termes obtenue par une approche automatisée, basée sur l’interrogation d’une base de connaissances définissant les termes MedDRA au moyen de relations avec des concepts systematized nomenclature of medicine–clinical terms (SNOMED CT), comparée avec la liste de référence obtenue par méthode hiérarchique et textuelle.

Résultats

Le premier groupement automatisé de termes MedDRA en rapport avec une fibrose, un rétrécissement ou une calcification de valve cardiaque, excluant les pathologies congénitales et le deuxième reprenant les mêmes critères en remplaçant l’aspect morphologique par l’aspect fonctionnel, présentent respectivement un rappel de 79 % avec une précision de 100 %, et un rappel de 100 % avec une précision de 96 %.

Conclusion

Une approche alternative aux groupements de référence MedDRA est possible pour les valvulopathies médicamenteuses et pourrait être étendue à d’autres effets indésirables.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

Aim

To propose an alternative approach for building custom groupings of terms that complements the usual approach based on both hierarchical method (selection of reference groupings in medical dictionary for regulatory activities [MedDRA]) and/or textual method (string search), for case reports extraction from a pharmacovigilance database in response to a safety problem. Here we take cardiac valve fibrosis as an example.

Methods

The list of terms obtained by an automated approach, based on querying ontology of adverse drug reactions (OntoADR), a knowledge base defining MedDRA terms through relationships with systematized nomenclature of medicine–clinical terms (SNOMED CT) concepts, was compared with the reference list consisting of 53 preferred terms obtained by hierarchical and textual method. Two queries were performed on OntoADR by using a dedicated software: OntoADR query tools. Both queries excluded congenital diseases, and included a procedure or an auscultation method performed on cardiac valve structures. Query 1 also considered MedDRA terms related to fibrosis, narrowing or calcification of heart valves, and query 2 MedDRA terms described according to one of these four SNOMED CT terms: “Insufficiency”, “Valvular sclerosis”, “Heart valve calcification” or “Heart valve stenosis”.

Results

The reference grouping consisted of 53 MedDRA preferred terms. Our automated method achieved recall of 79% and precision of 100% for query 1 privileging morphological abnormalities, and recall of 100% and precision of 96% for query 2 privileging functional abnormalities.

Conclusion

An alternative approach to MedDRA reference groupings for building custom groupings is feasible for cardiac valve fibrosis. OntoADR is still in development. Its application to other adverse reactions would require significant work for a knowledge engineer to define every MedDRA term, but such definitions could then be queried as many times as necessary by pharmacovigilance professionals.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : Valvulopathies, Pharmacovigilance, Sémantique, SNOMED CT, MedDRA

Keywords : Heart valve diseases, Semantics, Pharmacovigilance, Systematized nomenclature of medicine, MedDRA


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