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Un nouveau gène de prédisposition au mélanome situé sur le locus 1p36 - 23/11/16

Doi : 10.1016/j.annder.2016.09.121 
N. Soufir 1, 2, , M. Benfodda 1, 2, S. Gazal 3, V. Descamps 4, N. Basset-Seguin 5, M. Bagot 2, 5, L. Deschamps 6, L. Thomas 7, R. Zanetti 8, L. Sacchetto 8, 9, B. Grandchamp 1, A. Bensussan 2
1 Génétique, hôpital Bichat, Paris, France 
2 Centre de recherche sur la peau, Inserm U976 
3 Biostatistique 
4 Dermatologie, hôpital Bichat, Paris, France 
5 Dermatologie, hôpital Saint-Louis 
6 Anatomie pathologique, hôpital Bichat, Paris, France 
7 Dermatologie, centre hospitalier Lyon-Sud, Lyon, France 
8 Piedmont Cancer Registry, CPO, Torino 
9 Laboratory of Cancer Genomics, Fondazione Edo ed Elvo Tempia, Biella, Italie 

Auteur correspondant.

Résumé

Introduction

Le mélanome (MM) est une tumeur de pronostic redoutable en cas de diagnostic tardif, son incidence double environ tous les 10 ans dans les pays occidentaux. Il existe des facteurs de risques cliniques, environnementaux et génétiques. Les facteurs génétiques restant en majorité inconnus, nous avons réalisé deux séries d’exomes chez des patients à haut risque de MM afin d’expliquer d’héritabilité manquante dans le MM.

Matériel et méthodes

Une première série de séquençage d’exomes (Agilent V5, profondeur moyenne de 50X) a été réalisée sur l’ADN constitutionnel de 32 patients atteints de MM : (i) 13 MM familiaux (ii) 6 MM multiples sporadiques. Une étude de réplication a été ensuite réalisée sur une série d’exomes de 28 patients (11 MM familiaux et 8 MM multiples) et nous n’avons retenu que les gènes mutés dans les 2 séries. Le filtrage des variants, réalisé sur la plateforme Polyweb a porté en priorité sur les variants non-sens, décalant le cadre de lecture, d’épissage et non-synonymes dont la fréquence allélique était inférieure à 1 %. Une étude de réplication des gènes sélectionnés a été conduite chez 536 patients atteints de MM (346 MMs familiaux et 190 MMs multiples) et 767 contrôles caucasiens. L’analyse statistique comparait le nombre de variant présent dans les 2 groupes.

Résultats

Les deux séries d’exomes ont permis l’identification de deux variants sur le gène APITD1 : une mutation frameshift (p.Gln142Pro.fs*29) ségrégeant dans une famille et un variant rare faux sens (p.E137K) présent chez 3 patients atteints de MM. Le séquençage de l’ensemble du gène APITD1 montrait la présence de 2 mutations frameshifts chez 5 patients, et deux variants faux sens, p.E137K présent chez 9 patients (6 familiaux et 3 multiples) et 3 contrôles, et p.R87M présent chez 2 patients. Les variants tronquants d’APITD1 étaient fortement associés au risque de MM (OR 20,14 [3,48–149,78]), de même les variants faux sens (OR 4,22 [1,98–8,90]). Une perte d’hétérozygotie d’APITD1 avec délétion d’un allèle a été constatée chez un patient portant le variant faux sens (p.E317K).

Discussion

Le gène APITD1 (apoptosis-inducing, TAF9-like domain 1) est localisé en 1p36.22, locus identifié comme associé à la prédisposition au MM. La protéine APITD1 est liée physiquement au complexe de Fanconi (Fa core) impliqué dans la réparation des dommages de l’ADN et le maintien de l’intégrité du génome. Elle intervient également dans l’assemblage du kinetochore, la progression mitotique et la ségrégation des chromosomes. APITD1 est connue aussi pour son rôle de suppresseur de tumeur dans les neuroblastomes où elle est exprimée à des niveaux très faibles.

Conclusion

Ce travail nous a permis de démontrer qu’APITD1 est un nouveau gène de prédisposition au mélanome, des études de réplications dans d’autres populations sont en cours de réalisation, ainsi que des études fonctionnelles.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : APITD1, Mélanome, Génétique


Plan


 Les illustrations et tableaux liés aux abstracts sont disponibles à l’adresse suivante : http://dx.doi.org/10.1016/j.annder.2016.10.003.


© 2016  Publié par Elsevier Masson SAS.
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Vol 143 - N° 12S

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