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Apport de la PCR pour le diagnostic de pneumocystose en médecine et en réanimation - 25/05/17

Doi : 10.1016/j.medmal.2017.03.193 
N. Issa, G. Baulier, F. Gabriel, I. Accoceberry, F. Camou
 CHU de Bordeaux, France 

Résumé

Introduction

La pneumocystose (PCP) est une infection pulmonaire aiguë dont l’incidence augmente. L’infection concerne désormais principalement des patients non infectés par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) exposés à divers immunosuppresseurs. Dans ce contexte, le diagnostic de PCP est difficile car la présentation clinique est atypique et l’examen direct (ED) des sécrétions respiratoires, gold standard diagnostique, est souvent négatif. Dans cette situation, la détection d’ADN de Pneumocystis jirovecii dans les sécrétions respiratoires par polymerase chain reaction quantitative en temps réel (qPCR) est un examen prometteur mais peu évalué.

Matériels et méthodes

Afin d’évaluer l’apport diagnostique de la qPCR, tous les patients hospitalisés en service de médecine ou de réanimation dans un CHU et ayant une qPCR positive dans les sécrétions respiratoires ont été inclus dans une étude rétrospective menée entre 2013 et 2016. A partir des données cliniques, du résultat de l’ED des sécrétions respiratoires, de l’imagerie et du traitement administré, les patients ont été classés en trois groupes : PCP certaine, possible ou colonisation, indépendamment de la valeur de qPCR.

Résultats

Cent cinquante patients, dont 38 infectés par le VIH, ont été inclus : 75 en médecine et 75 en réanimation. Quatre-vingt-dix patients (60 %) ont bénéficié d’un lavage broncho-alvéolaire. Le diagnostic de PCP était jugé certain ou possible pour respectivement 52 et 77 patients et rejeté (colonisation) pour 21 patients. L’ED était négatif pour 78 % des patients non VIH et 29 % des patients VIH. Parmi les 129 patients avec PCP, dont 97 % ont été traités par cotrimoxazole, la mortalité hospitalière était de 35,9 % en réanimation et de 21,5 % en médecine. La valeur médiane de qPCR était de 76 650 copies/mL parmi les patients avec PCP et de 3220 copies/mL parmi les patients colonisés (p<0,001) sans différence significative concernant le type de prélèvement respiratoire ou le lieu d’hospitalisation (médecine versus réanimation). La valeur seuil optimale de qPCR déterminée à partir de la courbe ROC était de 10 100 copies/mL avec une sensibilité de 76,6 % et une spécificité de 86 %. La sensibilité était de 100 % au seuil de 1079 copies/mL (spécificité nulle). La spécificité était de 100 % au seuil de 59 250 copies/mL (sensibilité=48 %).

Conclusion

Si la qPCR s’avère, à elle seule, imparfaite pour le diagnostic différentiel entre colonisation et infection, elle a pour mérite d’orienter le clinicien vers le diagnostic de PCP notamment pour les patients non VIH dont l’ED des sécrétions respiratoires est négatif dans près de 80 % des cas, autant en médecine qu’en réanimation.

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Vol 47 - N° 4S

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