Molecular methods predict drug resistance several weeks before phenotypic methods and enable rapid implementation of appropriate therapeutic treatment. We aimed to detail the most representative molecular tools used in routine practice for the rapid detection of resistance to antituberculosis drugs among Mycobacterium tuberculosis strains.

The molecular diagnosis of resistance to antituberculosis drugs in clinical samples or from in vitro cultures is based on the detection of the most common mutations in the genes involved in the development of resistance in M. tuberculosis strains (encoding either protein targets of antibiotics, or antibiotic activating enzymes) by commercial molecular kits or by sequencing.

Three hypotheses could explain the discrepancies between the genotypic results and the phenotypic drug susceptibility testing results: a low percentage of resistant mutants precluding the detection by genotypic methods on the primary culture; a low level of resistance not detected by phenotypic testing; and other resistance mechanisms not yet characterized.

Molecular methods have varying sensitivity with regards to detecting antituberculosis drug resistance; that is why phenotypic susceptibility testing methods are mandatory for detecting antituberculosis drug-resistant isolates that have not been detected by molecular methods. The questionable ability of existing phenotypic and genotypic drug susceptibility testing to properly classify strains as susceptible or resistant, and at what level of resistance, was raised for several antituberculosis agents.

Les méthodes moléculaires peuvent prédire la résistance aux antituberculeux plusieurs semaines avant les méthodes phénotypiques. Elles permettent une mise en place rapide du traitement thérapeutique adéquat. Notre but était de détailler les outils moléculaires les plus utilisés en routine pour la détection rapide de la résistance aux antituberculeux chez Mycobacterium tuberculosis.

Le diagnostic moléculaire de la résistance aux antituberculeux dans les prélèvements cliniques ou les cultures s’appuie sur la détection des mutations les plus fréquentes dans les gènes incriminés dans la résistance chez M. tuberculosis (codant les protéines cibles ou les enzymes activatrices des antibiotiques) par des kits commerciaux et/ou par séquençage.

Trois raisons peuvent expliquer des différences entre les résultats des tests de sensibilité génotypique et phénotypique: un faible pourcentage de mutants résistants empêchant la détection de la résistance par méthode génotypique sur la culture primaire; un bas niveau de résistance non détectée par test phénotypique; d’autres mécanismes de résistance non encore élucidés.

Les méthodes moléculaires ont des sensibilités variables pour la détection de la résistance aux antituberculeux, c’est pourquoi les tests de sensibilité phénotypiques restent obligatoires pour détecter les souches résistantes aux antituberculeux non détectées par les méthodes génotypiques. La capacité des tests de sensibilité phénotypiques et génotypiques à classer correctement les souches comme sensibles et résistantes, et à quel niveau de résistance, a été soulevée pour plusieurs antituberculeux.