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Viral prevalence and laboratory investigations of gastroenteritis in institutions for dependent people - 23/11/17

Doi : 10.1016/j.medmal.2017.09.007 
P. Gaspard a, b, , P. Pothier c, d, C. Roth a, S. Larocca a, B. Heck a, K. Ambert-Balay c, d
a Hospital Hygiene Unit, Rouffach Hospital, Rouffach, France 
b UMR 6249 chrono-environnement, university of Franche-Comté, Besançon, France 
c Laboratory of Virology, National Reference Centre for Enteric Viruses, CHU of Dijon, Dijon, France 
d UMR PAM A 02.102, AgroSup Dijon, University of Bourgogne, Dijon, France 

Corresponding author. Hospital Hygiene Unit, Rouffach Hospital, 27, rue du 4e RSM, 68250 Rouffach, France.

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Abstract

Objectives

Viruses are recognized as important agents of gastroenteritis outbreaks in institutions caring for dependent people. We aimed to define norovirus (NoV) and rotavirus (RV) immunochromatographic tests (ICT) and reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) used in gastroenteritis investigations.

Methods

Fourteen sites were monitored from 2010 to 2015, with 360 laboratory investigations. Twenty-two outbreaks and 44 sporadic case patients were investigated with ICTs (114 NoVs and 80 RVs) and RT-PCRs (114 NoVs and 52 RVs).

Results

ICTs were useful during outbreaks (identification of NoVs and RVs in respectively 76.5% and 75.0% of episodes) despite the NoV sensitivity limit (55.1%) and the four RV false positive results observed for 10 samples. Given the NoV ICT performance and the observed variations of the NoV and RV prevalence (between 20.0% and 5.0%), ICTs are not appropriate to identify sporadic gastroenteritis case patients. Positive predictive values <60.0% were observed when the prevalence of RV and NoV was low (<5.0%). NoV and RV RT-PCR indications are sporadic gastroenteritis case patients, negative NoV and RV ICT during outbreaks, control of positive RV ICT in cases of suspected NoV and RV co-circulation, patients with long symptom duration, and NoV genogroup and genotype identifications (infection control and epidemiological surveillance). Inclusion of patients with specific clinical symptoms is recommended irrespective of the technique.

Conclusion

On the basis of the ICT limits identified in this work, RT-PCR development seems essential to improve viral gastroenteritis investigations in institutions caring for dependent people.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Objectifs

Les gastro-entérites virales sont fréquentes dans les institutions; ce travail évalue les investigations réalisées par méthodes immunochromatographiques (IC) et par reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR).

Méthode

Quatorze sites inclus entre 2010 et 2015 (360 analyses). L’investigation a porté sur 22 épidémies et 44 cas isolés avec les méthodes IC (114 recherches de norovirus [NoV] et 80 de rotavirus [RV]) et RT-PCR (114 NoV et 52 RV).

Résultats

La méthode IC a permis d’identifier l’agent viral dans la majorité des épidémies (NoV et RV : respectivement 76,5 % et 75,0 %) malgré les limites liées à la sensibilité pour le NoV (55,1 %) et à l’observation de quatre faux positifs sur 10 échantillons pour la recherche de RV. Pour les cas isolés, la méthode IC est non indiquée du fait des faibles performances des tests (NoV) mais également des prévalences observées (entre 5,0 % et 20,0 % pour le NoV et le RV). Des valeurs prédictives positives <60,0 % sont obtenues pour des prévalences <5 % (RV et NoV). La recherche du NoV et du RV par RT-PCR est donc nécessaire: cas isolés, screening négatif avec méthode IC (épidémies), contrôle des épidémies avec différents virus, patients avec signes cliniques prolongés, détermination des génogroupes et génotypes du NoV. L’inclusion de patients avec signes spécifiques de gastro-entérites est un élément important.

Conclusion

Au vu des limites des méthodes IC, le développement de la RT-PCR semble indispensable pour améliorer les investigations de ces gastro-entérites virales.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Gastroenteritis, Geriatrics, Norovirus, Rotavirus, Outbreaks

Mots clés : Gastroentérites, Gériatrie, Norovirus, Rotavirus, Épidémies


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Vol 47 - N° 8

P. 546-553 - décembre 2017 Retour au numéro
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