Le système national des données de santé (SNDS) enregistre les données de remboursement de soins de ville et de soins hospitaliers de millions de personnes en France. L’analyse et la visualisation de ces données pourraient permettre de mieux comprendre la prise en charge coordonnée, les parcours de soins, de patients atteints de maladies chroniques comme le cancer ou l’accident vasculaire cérébral (AVC). L’objectif était de développer un logiciel permettant de visualiser et de fouiller les données de parcours de soins via une interface graphique.

Pour prendre en compte la nature hétérogène des données, des ontologies informatiques OWL décrivent les différents évènements de santé d’un parcours de soins (hospitalisation, consultation chez un médecin…) et comment leurs caractéristiques doivent être visualisées (une hiérarchie de la CIM-10 pour les diagnostics, une carte pour les coordonnées géographiques des établissements…). Une phase d’extraction–transformation–chargement est réalisée pour passer d’un format d’extraction CSV à un format de stockage RDF. Les évènements de santé d’un même patient sont rassemblés pour reconstituer son parcours de soins et stockés dans une base de données NoSQL (Blazegraph). Une interface de datavisualisation réalisée avec R Shiny fournit des outils de visualisation et d’analyse de ces parcours. Elle permet de rechercher des séquences d’évènements.

Le logiciel a été testé sur des données du programme de médicalisation des systèmes d’information (PMSI). L’interface permet aux utilisateurs de créer et de calculer des indicateurs de parcours de soins de façon interactive. Par exemple, un utilisateur a pu calculer le pourcentage de réhospitalisations à 30jours après une fracture du fémur et visualiser les motifs médicaux de recours aux soins. Des données de parcours de soins de patients atteints d’AVC ont été simulées pour tester l’application avec des données plus hétérogènes.

Nous proposons un logiciel « open source » conçu pour analyser et visualiser des parcours de soins.