Médecine

Paramédical

Autres domaines


S'abonner

Evaluation of PCR-reverse line blot hybridization assay for simultaneous identification of medically important saprophytic fungi - 13/04/18

Doi : 10.1016/j.mycmed.2017.09.002 
S. Agha Kuchak Afshari a, H. Rahimi b, S.J. Hashemi a, R. Daie Ghazvini a, H. Badali c, S. Aghaei Gharehbolagh a, S. Rezaie a,
a Department of Medical Mycology and Parasitology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran 
b Molecular Medicine Department, Biotechnology Research Center, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran 
c Department of Medical Mycology and Parasitology, Antimicrobial Resistance Research Center (ARRC), Mazandaran University of Medical Science, Sari, Iran 

Corresponding author.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement ou un achat à l’unité.

pages 7
Iconographies 1
Vidéos 0
Autres 0

Summary

Background

In immunocompromised patients suffering from invasive fungal infections, rapid identification of fungal species is important since the appropriate treatment is usually related to the responsible species. We describe here, an assay based on combination of PCR and reverse line blot hybridization (PCR/RLB) for differentiation causative agent of fungal infections.

Materials and methods

We performed PCR/RLB assay on 10 reference strains, which include Aspergillus species (Afumigatus, Aflavus, Aniger, Aterreus, and Aclavatus), Mucor circnelloides, Rhizopus oryzae, Alternaria alternata, Cladosporium herbarum, and Fusarium solani. Besides, twenty-two clinical specimens from patients with proven fungal infections were analyzed for the identification of species. The obtained results were then compared with the results of culture and sequence analysis.

Results

The fungal species–specific oligonucleotide probes were able to distinguish between all species represented in this study with the exception of cross-reactivity between A. niger and A. fumigatus species. Two specimens, which were represented as mixed fungi in culture, were identified properly by this method. Results of the RLB assay were concordant with the culture and ITS sequencing results.

Conclusion

Our result demonstrate that the RLB assay potentially is suitable for rapid and simultaneous identification of variety fungal pathogens directly from culture as well as from clinical specimens.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Reverse line blot hybridization (RLB) assay, Oligonucleotide probe, Fungal species


Plan


© 2017  Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Ajouter à ma bibliothèque Retirer de ma bibliothèque Imprimer
Export

    Export citations

  • Fichier

  • Contenu

Vol 28 - N° 1

P. 173-179 - mars 2018 Retour au numéro
Article précédent Article précédent
  • Caractéristiques cliniques et mycologiques des onychomycoses à Candida à l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire
  • K.E. Angora, A. Ira-Bonouman, A.H. Vanga-Bosson, A. Konaté, F.K. Kassi, K. Tuo, K. Sylla-Thanon, P.C. Kiki-Barro, S. Miezan, A.V. Bedia-Tanoh, V. Djohan, W. Yavo, E.H. Menan, A.T. Offianan
| Article suivant Article suivant
  • Environmental and molecular study of fungal flora in asthmatic patients
  • H. Trablesi, I. Hadrich, S. Neji, N. Fendri, D. Ghorbel, F. Makni, H. Ayadi, S. Kammoun, A. Ayadi

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement ou un achat à l’unité.

L'accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement ou un achat à l'unité.

Déjà abonné à cette revue ?

Mon compte


Plateformes Elsevier Masson

Déclaration CNIL

EM-CONSULTE.COM est déclaré à la CNIL, déclaration n° 1286925.

En application de la loi nº78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, vous disposez des droits d'opposition (art.26 de la loi), d'accès (art.34 à 38 de la loi), et de rectification (art.36 de la loi) des données vous concernant. Ainsi, vous pouvez exiger que soient rectifiées, complétées, clarifiées, mises à jour ou effacées les informations vous concernant qui sont inexactes, incomplètes, équivoques, périmées ou dont la collecte ou l'utilisation ou la conservation est interdite.
Les informations personnelles concernant les visiteurs de notre site, y compris leur identité, sont confidentielles.
Le responsable du site s'engage sur l'honneur à respecter les conditions légales de confidentialité applicables en France et à ne pas divulguer ces informations à des tiers.