L’établissement d’un catalogue regroupant l’ensemble des gènes issus du microbiote intestinal est une révolution technologique et conceptuelle car, de ce répertoire, de nouvelles connaissances sont en cours d’acquisition. Avec plus de 500 000 gènes bactériens par individu sur plus de 10 millions dans le répertoire génétique total, le microbiote intestinal est impliqué dans de nombreux processus physiologiques et pathologiques. Dans le cadre des maladies métaboliques, l’ensemble des diabétiques de type 1 et de type 2, ainsi que des obèses, est caractérisé par une dysbiose plus ou moins marquée qui contribue à l’altération des défenses intestinales et des fonctions entéro-endocrines, ainsi qu’à l’inflammation métabolique systémique. Un contrôle de la symbiose hôte-microbiote est actuellement une piste de recherche thérapeutique importante qui apportera des solutions plus adaptées, car issues de l’origine de la maladie. C’est également une source de biomarqueurs non invasifs qui faciliterons le dépistage, la classification, et le suivi thérapeutique.

The setup of a unique catalog grouping the community of bacterial genes from the gut microbiota is a technical and biological revolution. It opens new eras of discovery. Including more than 500,000 genes per individual out of more than 10 millions, the gut microbiome is involved in numerous physiological and pathological processes. Regarding metabolic diseases, type 1 and 2 diabetic patients as well as obese individuals, are characterized by a gut microbiota dysbiosis which contributes to the impairment of intestinal defense and endocrine functions as well as the metabolic and systemic low-grade inflammation. The control of the host to gut microbiota crosstalk is nowadays considered as a new era for the development of therapeutic strategies leading in the near future to novel solutions based on causes of the disease. Further developments concerning non-invasive biomarkers will be helpful to predict, classify, and follow the therapeutic efficacy of novel drugs.