La PCR en temps réel est un outil très intéressant pour le diagnostic de la tuberculose qui reste une maladie infectieuse grave et de diagnostic parfois long. Les formes extrapulmonaires qui représentent 27 % des cas de tuberculoses sont difficiles à diagnostiquer. Nous avons évalué les performances du test GeneXpert MTB/RIF (Cepheid) pour le diagnostic des formes extrapulmonaires afin d’implanter le test en routine.

Analyse rétrospective des résultats des échantillons d’origine extrapulmonaire pour lesquels une recherche de mycobactérie a été réalisée à la fois par culture et par un test PCR en temps réel GeneXpert MTB/RIF dans notre laboratoire L3 du 1^er janvier 2015 au 31 août 2017. Les performances de la PCR ont été comparées à la culture (gold standard) et analysées en fonction de la nature de l’échantillon reçu au laboratoire.

Au total, 139 patients ont été inclus dans le cadre d’une suspicion de tuberculose extrapulmonaire. Au total, 144 échantillons d’origine extrapulmonaire ont été étudiés. Pour 96 échantillons, PCR et cultures étaient négatives et pour 27 échantillons les deux techniques étaient positives et ont permis d’établir le diagnostic de tuberculose extrapulmonaire. De façon intéressante, pour 9 échantillons, la PCR était positive alors que la culture était restée négative. Sur ces 9 échantillons, 7 venaient de patients sous traitement antituberculeux, ce qui explique les résultats de la culture négative. Enfin pour 11 échantillons, la PCR était négative alors que la culture était positive. Ainsi, dans notre étude, en comparaison à la culture, les performances du test GeneXpert MTB/RIF sont les suivantes : Se 71 %, Sp 91 %, VPP 75 % et VPN 90 %. D’après l’analyse des données en fonction du type de prélèvement, les performances de la PCR par rapport à la culture sont les suivantes : Se 90 %, Sp 87 %, VPP 82 % et VPN 93 % pour les tuberculoses ganglionnaires ; Se 25 %, Sp 97 %, VPP 50 % et VPN 92 % pour les méningites tuberculeuses ; Se 100 %, Sp 92 %, VPP 80 % et VPN 100 % pour les prélèvements ostéo-articulaires ; Sp 85 % et VPN 78 % pour les liquides de séreuses.

La PCR en temps réel GeneXpert MTB/RIF présente, d’après les données de notre étude pour les tuberculoses extrapulmonaires, une sensibilité supérieure à celle de l’examen microscopique (71 % versus 20 % dans notre étude). Les performances de ce test sont intéressantes dans le diagnostic des formes ganglionnaires et osseuses par rapport à la culture. La culture reste malgré tout un élément important pour le diagnostic. La qualité et le volume des échantillons sont des critères de qualité indispensables à évaluer pour rendre le diagnostic bactériologique plus performant.