Dans le diagnostic des méningites et encéphalites (M/E) infectieuses, l’analyse microbiologique du liquide cérébrospinal (LCS) a une sensibilité variable selon le germe et un délai d’au moins 24heures. Grâce une bonne sensibilité (>85 %) l’analyse par biologie moléculaire (BM) peut réduire ce délai, les durées de séjour et les consommations d’anti-infectieux. Nous avons comparé la performance d’un panel de BM et celle de la microbiologie conventionnelle (MC) dans l’étude des LCS pour le diagnostic de M/E infectieuses.

Cette étude prospective bicentrique dans un groupement hospitalier (GH) général a inclus entre février 2017 et janvier 2018 les patients âgés de plus de 18 ans avec suspicion clinique de ME et leucorachie de plus de 5leucocytes/mm³ et/ou protéinorachie supérieure à 0,4g/L. Les LCS ont été étudiés en MC (examen direct et culture) et en BM avec le panel FilmArray ME (Biomérieux).

Trente patients âgés de 20 à 96 ans ont été inclus, dont 7 hospitalisés en réanimation (23 %) et 23 en médecine (77 %). Sept (23 %) avaient un facteur d’immunodépression (2 traités par anti-TNF et 5 infectés par le VIH). Les signes cliniques principaux étaient : fièvre (90 %, n=27), signes d’encéphalite (47 %, n=14), syndrome méningé (43 %, n=13). Il y avait une hyperleucorachie dans 18 cas (60 %) dont 5 (28 %) à prédominance neutrophilique et 11 (61 %) lymphocytaire et une hyperprotéinorachie dans 26 cas (86 %). Des anti-infectieux à dose méningée avaient été débutés dans 16 cas (53 %). Une analyse par BM a été réalisée chez 2 patients sans méningite ni hyperprotéinorachie mais avec immunodépression sévère (CD4+<200) et cryptococcose plasmatique. Elle a été négative. Le diagnostic a été reçu en 1 heure par BM pour 3 entérovirus, 1 VZV et 1 Haemophilus influenzae dont l’analyse en MC était négative. Un cas de méningite à Streptococcus salivarius, négatif en MC et en BM, a été diagnostiqué par détection de l’ARN 16S du LCS. Après analyse par BM, 12 adaptations thérapeutiques ont été faites dès j1.

Dans cette étude, malgré un effectif limité, l’analyse du LCS par BM a permis un diagnostic et une adaptation thérapeutique précoces, sans nécessité d’externaliser les PCR virales. Ce panel apparaît très utile en complément de la MC pour les GH sans BM locale. Son utilisation doit faire l’objet d’une discussion pluridisciplinaire (infectiologue, biologiste) pour une interprétation opitmale des résultats. Une étude sur un large effectif avec une analyse médico-économique et de l’intérêt chez des populations cibles (immunodépression sévère, pédiatrie) serait utile.