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PCR 16S sur échantillon clinique : évaluation du service rendu sur le plan diagnostique et thérapeutique - 29/05/18

Doi : 10.1016/j.medmal.2018.04.107 
B. Nicolas, A. Putot, A. Chapuis, V. Varin, N. Dullier-Taillefumier, C. de Curraize, L. Amoureux, C. Neuwirth, J. Bador
 CHU de Dijon, Dijon, France 

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Résumé

Introduction

Le diagnostic bactériologique est une étape essentielle de la prise en charge d’un patient infecté. Les techniques classiques d’identification bactérienne nécessitent une culture préalable. La détection d’ADN bactérien directement dans les échantillons cliniques par amplification et séquençage d’un fragment du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S (PCR 16S) constitue une alternative en cas d’infection décapitée. Néanmoins, cette technique manque de sensibilité. Le taux de positivité, tous types d’échantillons confondus, varie de 19 à 43 % selon les études. Très peu de données sont rapportées en ce qui concerne l’impact réel du résultat de la PCR 16S sur la prise en charge du patient. L’objectif de ce travail était d’évaluer le service rendu par la PCR 16S pour le diagnostic et la thérapeutique.

Matériels et méthodes

Dans notre centre, l’indication de la PCR 16S est discutée au cas par cas entre clinicien et bactériologiste. Entre avril 2014 et octobre 2015, une PCR 16S a été réalisée pour 132 patients, sur des échantillons ostéoarticulaires (n=50), des LCR (n=27), des valves cardiaques ou végétations (n=20), des pus d’abcès profonds (n=11) et divers échantillons tissulaires ou liquidiens autres (n=24). Les données cliniques, biologiques, radiologiques et d’anatomopathologie ont été collectées. Le résultat de la PCR 16S, son interprétation par le médecin en charge du patient ainsi que la modification éventuelle du traitement antibiotique ont été recueillis. Chaque dossier médical a été étudié de façon indépendante par un clinicien infectiologue et par un médecin bactériologiste pour évaluer le service rendu par la PCR 16S.

Résultats

La PCR 16S a été positive pour 36 des 132 patients (27,3 %).

Pour 38 patients (28,8 %) la PCR 16S a été jugée utile au diagnostic, dont 33 cas de PCR positives et 5 cas de PCR négatives.

La PCR 16S a conduit à une modification de l’antibiothérapie pour 6 patients (4,5 %) : 2 adaptations, 3 désescalades et 1 arrêt. Dans 31 cas le résultat de la PCR a permis de conforter l’antibiothérapie probabiliste initiale (n=27) ou l’absence d’antibiothérapie (n=4).

Pour 38 patients, une PCR 16S a été réalisée alors que l’indication ne semblait pas pertinente (absence d’antibiothérapie avant prélèvement, infection bactérienne peu probable…). Aucune de ces 38 PCR n’a été contributive au diagnostic ou à la prise en charge thérapeutique.

Conclusion

Dans notre étude, la PCR 16S a contribué au diagnostic chez 28,8 % des patients et conduit à une modification de l’antibiothérapie dans 4,5 % des cas. Cette technique représente cependant une alternative intéressante pour la documentation d’infections décapitées. Le dialogue entre cliniciens et bactériologistes est essentiel pour une bonne sélection des indications et une interprétation adaptée des résultats.

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