Les gastro-entérites aiguës (GEA) virales sont un problème de santé publique majeur dans le monde, notamment chez les nourrissons et les jeunes enfants. Elles sont souvent diagnostiquées uniquement sur la clinique ou sous-diagnostiquées par l’utilisation de tests peu sensibles. Cette étude consiste à évaluer les performances d’une PCR multiplex pour le diagnostic des GEA virales par comparaison aux méthodes usuelles (Test de diagnostic rapide (TDR) ou PCR spécifiques).

Pour ce travail, 155 échantillons de selles ont été prélevés chez des enfants de moins de 2 ans hospitalisés pour suspicion de GEA virale, en Guyane (n=82 entre le 08/08/2016 et le 09/03/2017) et en Tunisie (n=73 entre le 12/05/2015 et le 12/06/2016). Les échantillons ont été extraits grâce à un extracteur IpreP (Invitrogen), puis amplifiés par : une PCR multiplex (fast-track diagnostics) permettant la détection simultanée de Rotavirus (RVA), Norovirus (NoVG1 et G2), Adénovirus (ADV), Astrovirus (AstroV) et Sapovirus (SapoV), et par plusieurs PCR « in house » spécifiques de chacun de ces virus. Un TDR RVA/ADV (Meridian biosciences) a été réalisé sur les 82 échantillons guyanais.

Parmi les 155 échantillons analysés, au moins un virus a été détecté pour 129 selles par l’une des techniques utilisées. Par PCR multiplex, 87 selles sont positives pour RVA (56,1 %), 45 pour AstroV (29 %), 40 pour ADV (25,8 %), 34 pour NoVG2 (21,9 %), 14 pour SapoV (9 %) et 2 pour NoVG1 (1,3 %). Une co-infection virale a été observée pour 62 échantillons, dont 40 avec deux virus et de 3 à 5 virus pour les autres. Pour les 50 TDR négatifs, la PCR RVA spécifique était également négative, mais 16 échantillons ont été détectés positifs pour le RVA en PCR multiplex (Ct>20). Le fait que ces 16 patients présentaient tous des signes de GEA, fait suggérer une meilleure sensibilité de détection de la PCR multiplex par rapport au TDR. Un gain de sensibilité a également été observé pour l’ADV par rapport au TDR. Pour les autres virus, les deux techniques de PCR ont une sensibilité comparable. Une saisonnalité des infections à Rotavirus a été constatée uniquement sur les prélèvements de guyanais avec un pic d’incidence en août et septembre 2016.

La PCR multiplex montre des très bonnes performances pour la détection des principaux virus responsables de GEA avec une meilleure sensibilité que le TDR et une non-infériorité par rapport aux PCR spécifiques. La détection simultanée de six virus en une seule étape permet un diagnostic différentiel rapide des GEA, notamment avec les infections d’origine bactériennes ou parasitaires.