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Identification incorrecte par MALDI-TOF VitekMS de Cutibacterium namnetense à Cutibacterium acnes parmi des isolats cliniques : utilité du séquençage gyrB et nouveau pathogène osseux ? - 29/05/18

Doi : 10.1016/j.medmal.2018.04.233 
N. Arshad, P. Bémer, G. Le Gargasson, A. Guillouzouic, S. Corvec
 CHU de Nantes, Nantes, France 

Résumé

Introduction

Depuis 10 ans, la technologie MALDI-TOF a révolutionné l’identification bactérienne en routine dans les laboratoires de bactériologie. Par ailleurs, en deux ans, la taxonomie des Propionibacterium a été largement revue avec individualisation du genre Cutibacterium, incluant Cacnes, Cgranulosum, Cavidum et 2 nouvelles espèces récemment décrites : Chumerusii et Cnamnetense. L’objectif de cette étude était de déterminer la prévalence de Cnamnetense dans la collection du laboratoire avant l’arrivée du MALDI-TOF et d’investiguer les circonstances de l’isolement clinique.

Matériels et méthodes

Nous avons repris les souches identifiées à Propioniobacterium sp. entre 2010 et 2012. Après isolement, les souches identifiées initialement par des tests et galeries phénotypiques (Api20A) ont été identifiées par spectrométrie de masse VitekMS et par identification moléculaire par séquençage des gènes gyrB et ARN 16S.

Résultats

Sur les 269 souches dédoublonnées retrouvées (toutes natures de prélèvement confondues), 246 étaient identifiées respectivement à Cacnes, 18 à Cgranulosum et 5 à Cutibacterium sp. par les techniques phénotypiques. L’identification spectrale révélait 231Cacnes, 5Cgranulosum, 14Cavidum, ainsi que 13 échecs d’acquisition de spectre et 6 souches appartenant à un genre différent. En revanche, l’identification moléculaire des 262 Cutibacterium sp. confirmait l’identification de 236Cacnes, 5Cgranulosum, 17Cavidum, 1 Propionimicrobium lymphophilum et 3Cnamnetense. Aucun Chumerusii n’était retrouvé. Deux des trois Cnamnetense avaient été identifiés à Cacnes et l’un était en échec d’acquisition de spectre. La prévalence de cette nouvelle espèce sur cette période est de 1,1 %. Deux des trois patients présentaient une ostéite comme le patient avec la souche initiale (3/3 et 4/4 prélèvements positifs, dans les deux cas).

Conclusion

Cnamnetense, décrit en 2016, s’avère rare dans notre collection. Son tropisme osseux nécessite une étude prospective multicentrique, d’autant que nous l’avons retrouvé prospectivement dans d’autres prélèvements, notamment une spondylodiscite. Son caractère pro-inflammatoire reste à confirmer. Par ailleurs, les modifications taxonomiques et l’émergence de nouvelle espèce en clinique imposent une actualisation régulière des bases de données du MALDI-TOF.

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Vol 48 - N° 4S

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