L'évaluation du risque en toxicologie alimentaire présente des caractéristiques qui lui sont propres. La sécurité du consommateur doit pouvoir être assurée à partir de données issues exclusivement d'études réalisées sur l'animal (sauf pour les édulcorants) pour une consommation journalière pendant une vie entière. L'identification du danger se fait souvent de façon rétrospective, à la suite d'intoxication massive. Il est, de plus, très difficile de faire la corrélation entre l'augmentation de l'incidence d'une pathologie et l'exposition de la population à un toxique via la consommation alimentaire. Il faut distinguer les substances et denrées soumises à autorisation et les contaminants alimentaires. Dans le premier cas, il s'agit d'une démarche de demande d'autorisation d'utilisation, réglementée soit au niveau européen, soit au niveau français qui s'appuie sur des études toxicologiques diligentées selon les lignes directrices de l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE). Selon qu'il s'agit d'additifs alimentaires, d'auxiliaires technologiques, de matériaux de contact avec les denrées alimentaires, les produits phytosanitaires, les exigences sont différentes. Mais dans tous les cas, l'étape de caractérisation du danger aboutit à la fixation d'une dose journalière acceptable (DJA). Dans le cas des contaminants alimentaires comme les mycotoxines, la situation peut être très critique dans la mesure où on ne dispose pas toujours d'études toxicologiques de qualité et suffisantes pour identifier une dose sans effet. La dose journalière tolérable (DJT) est alors proposée sur des bases toxicologiques souvent peu solides. L'évaluation de l'exposition du consommateur doit être réalisée de la façon la plus précise possible, pour être comparée à la DJT/DJA. La caractérisation du risque permet alors de déterminer si l'on fait courir des risques aux consommateurs en l'exposant volontairement ou non à ces substances. Le risque d'exposition à des contaminants alimentaires génotoxiques doit être pris en compte alors que les substances génotoxiques soumises à autorisation sont systématiquement exclues. Les approches via le seuil de toxicité (threshold of toxicological concern [TTC]) et margin of exposure (MOE) font actuellement l'objet d'applications dans les différents domaines.