De nombreux travaux suggèrent un rôle essentiel du microbiote intestinal dans différents dysfonctionnements tels qu’obésité, pathologies chroniques intestinales et cancer. Le but de notre étude est de caractériser le microbiote intestinal d’une cohorte de patientes atteintes de cancer du sein par comparaison à celui d’un groupe témoins.

Les selles de 25 patientes nouvellement diagnostiquées pour un cancer du sein, avant toute intervention thérapeutique et de 30 femmes témoins, sans antécédent de pathologie cancéreuse, ont été collectées. Après extraction, l’ADN bactérien a été séquencé par la technologie Illumina (région V3–V4 de l’ADNr 16S). L’analyse bioinformatique a permis de générer les profils taxonomiques des échantillons, ainsi que les indices de richesse (Chao) et de diversité (Shannon) correspondants. Une analyse statistique a été menée afin d’identifier les taxa (avec correction pour multiplicité des tests) ou indices différentiellement abondants entre les deux groupes.

Les deux populations de l’étude sont comparables en termes d’IMC et de statut ménopausique. Cependant, les patientes sont significativement plus âgées que les témoins (63,0 ans vs 55,1 ans, p=0,0056). Les patientes présentent majoritairement un cancer du sein canalaire (81 %), RH+ (100 %), de grade II (64 %). L’analyse a permis de montrer une diversité plus faible dans le groupe cancer du sein (4,9 vs 5,2, p=0,0082), tandis qu’aucune différence de richesse n’a pu être mise en évidence entre les deux populations. Des différences d’abondances relatives de certains phyla ont également été montrées entre les deux groupes, avec notamment une augmentation de Firmicutes (61,6 % vs 54,2 %, p_adj=0,031) et une diminution de Bacteroidetes (27,2 % vs 37,0 %, p_adj=0,006) dans le groupe patientes. Au rang de la famille, aucune différence d’abondances relatives n’a été observée entre les populations. Parmi les genres bactériens, Coprococcus (Phylum Firmicutes), et dans une moindre mesure Odoribacter et Butyricimonas (Phylum Bacteroidetes), ont des abondances relatives significativement plus faibles dans le groupe cancer du sein par rapport aux témoins (respectivement, 1,4 % vs 2,8 %, p_adj=0,030 ; 0,1, % vs 0,3 %, p_adj=0,104 et 0,1 % vs 0,3 %, p_adj=0,052). À l’inverse, les genres Clostridium XVIII et Lachnospira (Phylum Firmicutes) ont des abondances relatives plus importantes dans la cohorte de patientes (0,8 % vs 0,3 %, p_adj=0,056 et 1,2 % vs 0,6 %, p_adj=0,10).

Notre approche comparative des flores intestinales par métaséquençage ciblé d’un groupe témoin et d’un groupe de patientes atteintes de cancer du sein non traitées, met en évidence une moindre diversité microbienne chez les patientes. La composition bactérienne intestinale diffère significativement entre les deux groupes, en termes d’abondances relatives des phyla Bacteroidetes et Firmicutes, et de certains genres bactériens. Cette étude constitue une approche préliminaire à l’exploration des mécanismes permettant de clarifier le rôle du microbiote dans le développement du cancer du sein.