Apport des puces à ADN dans le diagnostic étiologique des pleurésies : étude de faisabilité - 18/04/08
L. Greillier [1 et 2],
P. Roll [3],
F. Barlesi [1],
A. Robaglia-Schlupp [3],
A. Fraticelli [1 et 2],
P. Cau [3],
P. Astoul [1 et 2]
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Introduction |
Le diagnostic étiologique des pleurésies exsudatives est parfois difficile, particulièrement celui de mésothéliome pleural malin (MPM). Ainsi, le développement de nouveaux outils biologiques est nécessaire. L'objectif de cette étude était de déterminer la faisabilité et l'apport diagnostique de l'analyse génomique, à l'aide de puces à ADN, des cellules contenues dans le liquide pleural.
Méthodes |
Les patients présentant un épanchement pleural, nécessitant une ponction à visée diagnostique, étaient éligibles pour participer à l'étude. Cinq cents ml de liquide pleural étaient recueillis. Après extraction de l'ARN des cellules surnageantes et évaluation de son intégrité, l'expression des gènes était étudiée à l'aide de puces à ADN pan-génome.
Résultats |
Dix-sept patients ont été inclus (4 MPM, 8 pleurésies malignes secondaires, 5 pleurésies bénignes). Trois patients présentaient des prélèvements entièrement exploitables. Les expériences de contrôle montraient que l'analyse du transcriptome était reproductible. La comparaison des prélèvements deux à deux montrait des différences significatives en terme d'expression génique. Les prélèvements de 14 patients n'étaient pas exploitables en raison d'une dégradation de l'ARN.
Conclusions |
L'étude du transcriptome des cellules contenues dans le liquide pleural est faisable mais reste soumise à des difficultés essentiellement liées à la fragilité de l'ARN.
Role of DNA microarrays in the diagnosis of pleural exudates: a feasibility study |
Introduction |
Establishing the cause of exudative pleural effusions is sometimes difficult, especially in the context of possible malignant pleural mesothelioma (MPM). Therefore, the development of new biological tools is necessary. The aim of this study was to determine the feasibility and the diagnostic contribution of genomic analysis of cells contained in pleural fluid, using DNA microarray techniques.
Methods |
Patients with pleural effusion requiring diagnostic thoracocentesis were eligible to participate in the study. Five hundred mls of pleural fluid were then collected. RNA was extracted from pleural fluid cells and its integrity was assessed. Gene expression was studied using pangenomic DNA microarrays.
Results |
Seventeen patients were included (4 MPM, 8 secon-dary malignant pleurisies, 5 benign pleurisies). Three patients offered fully exploitable samples. Taking into account the results of control experiments, gene expression study from pleural fluid was reproducible. The comparison of samples showed significant differences in gene expression. Samples from 14 patients were not exploitable because of RNA degradation.
Conclusions |
Gene expression study of cells from pleural fluid is feasible but remains difficult, essentially in relationship with RNA weakness.
Mots clés : Analyse de l'expression des gènes , Diagnostic , Exsudat , Mésothéliome pleural , Puces à ADN
Keywords:
Gene expression profiling
,
Diagnosis
,
Exudate
,
Malignant pleural mesothelioma
,
DNA microarray
Plan
© 2007 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Vol 24 - N° 7
P. 859-867 - septembre 2007 Retour au numéro
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