S'abonner

Analysis of the C12A-p8MTCP1 protein internal motions using fast spectral density mapping at multiple magnetic fields - 23/04/08

Doi : 10.1016/j.crci.2007.08.012 
Virginie Ropars a, b, c, Julien Roche a, b, c, Philippe Barthe a, b, c, Christian Roumestand a, b, c,
a CNRS, UMR5048, Centre de biochimie structurale, F34090 Montpellier, France 
b INSERM, U554, F34090 Montpellier, France 
c Universités Montpellier-1 et 2, F34090 Montpellier, France 

Corresponding author. CNRS, UMR5048, Centre de Biochimie Structurale, 29 Rue de Navacelles, F34090 Montpellier, France.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

pages 11
Iconographies 5
Vidéos 0
Autres 0

Abstract

Spectral density mapping at multiple NMR field strengths is probably the best method to describe the dynamics behavior of a protein in solution through the analysis of 15N heteronuclear relaxation parameters. Nevertheless, such analysis is scarcely reported in the literature, probably because this method is excessively demanding in spectrometer measuring time. Indeed, when using n different magnetic fields, the discrete sampling of the spectral density function with 2n+1 points needs the measurement of 3n 15N heteronuclear relaxation measurements (n R1, n R2, and n 15N{1H} NOEs), assuming the validity of the high frequency approximation. Based on further approximations, we proposed a new strategy that allows us to describe the spectral density with n+2 points, with the measurement of a total of n+2 heteronuclear relaxation parameters. Applied to the dynamics analysis of the protein C12A-p8MTCP1 at five different NMR fields, this method allowed us to divide by nearly a factor 2 the total measuring time, without altering further results obtained by the Lipari–Szabo “model-free” analysis of the resulting spectral densities.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

La cartographie des densités spectrales à différentes valeurs d'induction magnétique est certainement la meilleure méthode pour décrire le comportement dynamique d'une protéine en solution, à travers l'analyse des paramètres de relaxation hétéronucléaire 15N. Cependant, de telles analyses ne sont que rarement reportées dans la littérature, probablement parce que cette méthode est excessivement consommatrice de temps machine. En effet, si l'on utilise n valeurs différentes de champs magnétiques, l'échantillonnage discret de la fonction de densité spectrale par 2n+1 points demande la mesure de 3n paramètres de relaxation (n R1, n R2 et n 15N{1H}NOEs), dans l'hypothèse de validité de l'approximation des hautes fréquences. Nous avons proposé une nouvelle stratégie qui permet de décrire la fonction densité spectrale par n+2 points en ne mesurant qu'un total de n+2 paramètres de relaxation hétéronucléaire, moyennant quelques approximations dont nous avons vérifié la validité par simulation. Appliquée à l'analyse de la protéine C12A-p8MTCP1 à cinq inductions différentes de champ magnétique, cette approche permet de diviser au minimum par deux le temps de mesure expérimentale, sans altérer l'interprétation dynamique des fonctions de densité spectrale par le modèle de Lipari–Szabo.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Heteronuclear relaxation, Dynamics analysis, Lipari–Szabo model, FSDM

Mots-clés : Relaxation Hétéronucléaire, Analyse Dynamique, Modèle de Lipari–Szabo, FSDM


Plan


© 2007  Académie des sciences. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Ajouter à ma bibliothèque Retirer de ma bibliothèque Imprimer
Export

    Export citations

  • Fichier

  • Contenu

Vol 11 - N° 4-5

P. 530-540 - avril 2008 Retour au numéro
Article précédent Article précédent
  • Towards the prediction of NMR relaxation rates in proteins from their structure by a network of coupled rotators
  • Gabrielle Nodet, Geoffrey Bodenhausen, Daniel Abergel
| Article suivant Article suivant
  • Nouveaux marqueurs de pH utilisables en RMN du 31P. Détermination de la relaxation longitudinale en fonction de la structure chimique, de la température, du pH et du milieu biologique
  • Gaëlle Gosset, Sophie Martel, Jean-Louis Clément, Bruno Blaive, Gilles Olive, Marcel Culcasi, Roselyne Rosas, André Thévand, Sylvia Pietri

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’achat d’article à l’unité est indisponible à l’heure actuelle.

Déjà abonné à cette revue ?

Mon compte


Plateformes Elsevier Masson

Déclaration CNIL

EM-CONSULTE.COM est déclaré à la CNIL, déclaration n° 1286925.

En application de la loi nº78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, vous disposez des droits d'opposition (art.26 de la loi), d'accès (art.34 à 38 de la loi), et de rectification (art.36 de la loi) des données vous concernant. Ainsi, vous pouvez exiger que soient rectifiées, complétées, clarifiées, mises à jour ou effacées les informations vous concernant qui sont inexactes, incomplètes, équivoques, périmées ou dont la collecte ou l'utilisation ou la conservation est interdite.
Les informations personnelles concernant les visiteurs de notre site, y compris leur identité, sont confidentielles.
Le responsable du site s'engage sur l'honneur à respecter les conditions légales de confidentialité applicables en France et à ne pas divulguer ces informations à des tiers.


Tout le contenu de ce site: Copyright © 2024 Elsevier, ses concédants de licence et ses contributeurs. Tout les droits sont réservés, y compris ceux relatifs à l'exploration de textes et de données, a la formation en IA et aux technologies similaires. Pour tout contenu en libre accès, les conditions de licence Creative Commons s'appliquent.