Déterminer la diversité génétique des souches de Mycobacterium tuberculosis isolées en Limousin où l’incidence de la tuberculose est faible (4,8/100 000 habitants en 2005) ainsi que leur mode de circulation.

De 1998 à 2006, 259 souches représentant chacune un patient ont été isolées. Le spoligotypage et la détermination des MIRU15 étaient les techniques de génotypage retenues.

Sur 165 dossiers cliniques exploitables : 99 H/66 F, âge moyen 56,4 ans (14–94), 32,7 % nés à l’étranger, 16,9 % vivant en collectivité ou sans domicile fixe, 21,8 % immunodéprimés dont trois patients VIH positifs, 14,5 % alcooliques chroniques, l’atteinte pulmonaire était dominante (81,8 %) avec 45,1 % d’examen direct positif. Deux souches sur 259 (0,8 %) étaient multirésistantes. Par spoligotypage, 136/259 spoligotypes ont été individualisés (110 uniques, 26 grappes de deux à 36 isolats). Parmi ces 26 grappes, les deux principales étaient les grappes ST53 (n=36) et ST50 (n=19). Trois familles de souches sont représentées : T1 (30 %), Haarlem (30 %) et LAM (20 %). Le typage MIRU15 a été plus discriminant et a permis d’individualiser les souches des 11 ST hébergeant deux souches. Le typage MIRU a séparé respectivement 28 des 36 isolats (ST53) et 14 des 19 souches (ST50). Trente-deux souches ont une association ST-MIRU15 identique formant 11 grappes pour lesquelles une confrontation avec les données épidémiologiques conventionnelles a été réalisée. L’alcoolisme, l’immunodépression et l’atteinte pulmonaire apparaissent comme facteur de risque de transmission.

Une grande diversité génétique a été observée. Le taux de transmission de 8,1 % est compatible avec une épidémie de réactivation.

We conducted a molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Limousin, a French area with a low incidence of tuberculosis (4.8/100,000 inhabitants in 2005) to define the molecular diversity and the pattern of transmission.

Two hundred and fifty-nine strains were isolated (each strain corresponds to one patient) from 1998 to 2006. Both spoligotyping and MIRU15 were chosen for our study because of their discriminatory power.

Only 165 medical records were available: 99M/66F, mean age 56.4 years (14–94), 32.7% foreign-born patients, 16.9% homeless or living in shelters, 21.8% of immunocompromised patients (three HIV positive), 14.5% of alcohol addicts. Pulmonary manifestations were predominant (81.8%) with 45.1% of positive smears. Two strains among the 259 presented a multidrug resistance. Spoligotyping identified 136/259 spoligotypes (110 unique, 26 clusters composed of two to 36 isolates); within these 26 clusters, ST53 (n=36) and ST50 (n=19) were the most frequent. Three major families were observed as follow: T1 (30%), Haarlem (30%) and LAM (20%). MIRU15 identified 28/36 isolates in the ST53 group and 14/19 in the ST50 group. Eleven clusters (32 strains) with identical ST-MIRU15 were obtained with a proved case of recent transmission. Alcohol dependence, immunosuppression and pulmonary infections seem to be involved in transmission factors.

M. tuberculosis strains isolated in Limousin are characterized by their high genetic diversity. The rate of recent transmission (8.1%) is low and therefore a reactivation process is predominant in this area.