La famille des Polyomaviridae regroupe plusieurs virus retrouvés dans de nombreuses espèces animales. Deux polyomavirus infectent spécifiquement l'homme, le virus JC et le virus BK. Chez des patients présentant une diminution importante de l'immunité cellulaire, le virus JC est l'agent responsable de la leucoencéphalopathie multifocale progressive et le virus BK est responsable d'atteintes de l'appareil urinaire en particulier de néphropathies. L'association du virus JC et du virus BK dans les processus tumoraux a également été suggérée. Récemment, deux nouveaux polyomavirus ont été décrits chez l'homme, les virus WU et KI. Ces virus ont été retrouvés dans les voies respiratoires mais n'ont jusqu'à présent pas été associés à des pathologies respiratoires. Le diagnostic virologique des infections à polyomavirus est basé sur la détection différentielle qualitative ou quantitative des génomes viraux JC et BK par des techniques de biologie moléculaire dans les différents compartiments biologiques. Il n'existe pas à l'heure actuelle de traitement antiviral spécifique pour la prise en charge de ces infections mais différents essais ont montré l'intérêt de molécules non spécifiques dont l'utilisation reste à définir.