Moins fréquentes que chez l'adulte, elles ont une expression très variable, fonction de l'âge, du terrain, de la géographie et de l'agent responsable : levures, dermatophytes ou champignons filamenteux. Chez l'enfant en bonne santé, l'infection fongique reste superficielle. Les candidoses cutanéomuqueuses sont fréquentes et banales chez le nourrisson, favorisées par la macération et les antibiotiques ; les dermatophytoses, contagieuses, intéressent les enfants plus âgés. Dans des conditions particulières, certains saprophytes environnementaux sont susceptibles de devenir invasifs. Leur dissémination environnementale par sporulation fait de l'interface respiratoire une porte d'entrée privilégiée dans l'organisme et certaines d'entre elles y déclenchent des manifestations immunoallergiques dont le profil est très particulier. L'invasion fongique proprement dite est possible chez l'enfant immunocompétent : grand prématuré, enfant en réanimation, effraction cutanée. Elle est beaucoup plus fréquente et grave chez l'enfant immunodéprimé, où les difficultés diagnostiques inhérentes au terrain peuvent entraîner un retard de prise en charge thérapeutique aux conséquences dramatiques. La prévention est essentielle chez les sujets à risque : prématurés, immunodéprimés, enfants atteints de mucoviscidose.