Le microbiote intestinal participe au développent de l’obésité, du diabète de type 2 et de l’inflammation de faible grade. Nos travaux précédents ont associé la composition du microbiote intestinal avec certains stigmates de l’obésité et du diabète de type 2 (par exemple : la masse grasse, la tolérance au glucose, l’inflammation). Nous avons montré que modifier le microbiote intestinal (par ex : augmenter Bifidobacterium spp.) d’animaux obèses avec des prébiotiques améliore l’obésité et ses désordres. Cependant, à ce jour, il n’existe aucune analyse complète et précise du microbiome dans ce contexte. Quelles sont les bactéries véritablement impliquées ?

20 souris obèses (ob/ob) traitées 5 semaines avec ou sans prébiotiques (n=10/groupe). Le microbiome est analysé par 4 techniques: ^1e pyro-séquençage, 2^e Mouse-Intestinal-CHIP-array, 3^e DGGE et 4^e PCR-quantitative ; toutes ses techniques sont basées sur l’analyse de l’ARN 16S-ribosomal (16SrRNA). De plus, nous avons étudiés l’homéostasie du glucose, l’inflammation, le stress oxydatif et la barrière intestinale.

Les analyses multivariées (“heat-map profile”, “dendrogram”, et analyse en composantes principales) révèlent deux clusters distincts dépendant des traitements nutritionnels. Le séquençage et le microarray (soit plus de 72 000 séquences bactériennes) mettent en évidence des changements drastiques du microbiote par les prébiotiques, avec 102 séquences 16S-rRNA significativement modifiées dont 16 taxa bactériens sont changés plus de 10 fois (8 diminués et 8 augmentés). En outre les prébiotiques diminuent la perméabilité intestinale, l’inflammation, le stress oxydatif et l’intolérance au glucose, ces phénomènes sont associés à une augmentation de la différentiation des cellules souches intestinales en cellules entéroendocrines de type-L. Enfin, nous montrons de nettes corrélations entre certains paramètres métaboliques et des bactéries jusqu’alors jamais identifiées dans ce contexte.

En établissant le profil complet du microbiome de souris obèses traitées ou non avec des prébiotiques, nous avons identifiés de nouvelles cibles bactériennes qui façonnent le métabolisme de l’hôte.