Les lésions tumorales bénignes de l'ampoule de Vater et les lésions pseudotumorales (adénomyomes, lésions régénératives) constituent une part importante des lésions ampullaires actuellement diagnostiquées. Du fait de sa morbimortalité, la duodénopancréatectomie céphalique doit si possible être réservée aux lésions malignes invasives sans métastases à distance. Les arguments en faveur d'une lésion bénigne sont : une lésion non ulcérée en duodénoscopie, l'absence d'extension à la musculeuse duodénale ou au pancréas et/ou ganglionnaire en échoendoscopie, et l'absence de carcinome invasif sur la biopsie. Certains échoendoscopistes peuvent également affirmer l'absence d'extension à la sous-muqueuse duodénale. L'ampullectomie, qui peut être chirurgicale ou endoscopique, est donc indiquée pour les lésions ampullaires bénignes ou malignes si elles sont non invasives. L'ampullectomie chirurgicale, guidée par un examen histologique extemporané, est préférable à l'ampullectomie endoscopique en cas de lésion volumineuse (qui, par voie endoscopique, nécessiterait alors une fragmentation de la lésion gênant une analyse histologique fiable), en cas d'extension ascendante dans la voie biliaire principale (observée dans environ 20 % des ampullomes), ou associée à un diverticule juxta-ampullaire, ou en cas de récidive après ampullectomie endoscopique.