Le microbiote constitue un écosystème complexe dont l’implantation, dans les premières semaines de la vie semble constituer une période critique de « programmation » du système immunitaire. Toute perturbation dans le processus initial de mise en place de la flore pourrait avoir des conséquences sur la survenue ultérieure de pathologies comme l’obésité, le diabète, les pathologies inflammatoires du tractus digestif ou encore la survenue d’allergies, dont l’incidence augmente de manière très rapide depuis quelques années. L’hypothèse hygiéniste, d’une part (Starchan), et l’hypothèse de programmation d’autre part (Barker), apportent de manière complémentaire des explications plausibles aux associations épidémiologiques mises en évidence dernièrement entre l’exposition précoce aux antibiotiques et la survenue de maladies allergiques. L’attention des cliniciens doit être fortement et rapidement attirée vers ces effets délétères de l’antibiothérapie, qui ne concernent plus uniquement l’émergence de mutations résistantes et l’altération de l’écologie bactérienne, mais aussi des pathologies « non infectieuses » tout aussi préoccupantes.

The microbiote constitutes a complex ecosystem. Its establishment within the first weeks of life seems to constitute a critical period of “programming” of the immune system. Any disturbance in the initial process of colonization by the microbiote could impact long-term health and be implicated in several pathologies such as obesity, diabetes, inflammatory diseases of the digestive tract or allergies, with an increased prevalence observed during the past decades. The hygienist hypothesis, on one hand (Starchan), and the programming hypothesis on the other hand (Barker), constitute plausible explanations to the epidemiological associations reported recently between the premature exposure to antibiotic treatment and allergic diseases. Clinicians must be strongly and quickly awarded of these deleterious effects of antibiotic treatments, which do not only concern any more the emergence of resistant bacterial strains and the changes of the bacterial ecology, but also “not infectious” diseases even more worrisome.