La recherche des anaérobies n'est pas systématique. Elle est conditionnée par des arguments cliniques et microbiologiques, en particulier l'examen direct par coloration de Gram.

Vouloir isoler ou identifier des anaérobies stricts c'est comprendre que l'oxygène est l'ennemi qu'il faut éviter sans défaillance. Cela impose de connaître et respecter les conditions de prélèvement, de transport et de mise en culture. Les milieux doivent être préparés extemporanément ou conservés en anaérobiose. L'anaérobiose continue s'obtient idéalement grâce aux chambres anaérobies. D'autres procédés permettent de se passer de cet équipement onéreux à l'achat. L'identification présomptive des genres bactériens à l'aide des disques de vancomycine, kanamycine et colistine permet de corriger les quelques erreurs d'identification des galeries miniaturisées.

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