Les laboratoires effectuant des analyses de mycologie médicale doivent s'astreindre à choisir et à respecter un protocole d'isolement et d'identification rigoureux, tant analytique que diagnostique. La mise en culture de produits d'origine humaine, animale ou environnementale est la base de l'isolement et de l'identification de champignons, potentiellement pathogènes. En fonction du prélèvement, un choix du milieu d'isolement est nécessaire. Dans un certain nombre de cas, le recours à des milieux d'identification est indispensable.