Les infections et les néoplasies sont les conséquences attendues du traitement immunosuppresseur, qui diminue les réponses cellulaires et humorales de façon non spécifique. Les infections étaient surtout fréquentes et sévères durant la période précoce après la transplantation (première année). Leur diagnostic précoce, leur prévention systématique et leur prise en charge ont beaucoup bénéficié ces dernières années de nouveaux outils de diagnostic (biologie moléculaire) et du développement des médicaments antiviraux et antifongiques, aboutissant à une baisse très significative de la mortalité de cause infectieuse dans cette population. Cependant, de nouveaux agents infectieux (BK virus, parvovirus, virus de l'hépatite E) sont venus enrichir la liste des infections du patient transplanté. Les complications néoplasiques sont surtout dues au cumul et à la durée de l'immunosuppression, et surviennent souvent en phase tardive (après la première année). Ces néoplasies sont viro-induites et concernent essentiellement la peau et le tissu lymphoïde, mais l'incidence des cancers non cutanés est également augmentée. Mise à part la réduction de l'immunosuppression qui demeure essentielle, leur prise en charge était similaire à celle des patients non transplantés, avec des résultats médiocres. L'introduction récente d'immunosuppresseurs ayant des propriétés antitumorales et antiprolifératives (inhibiteurs de mTor) bouleverse le paysage : non seulement l'incidence des cancers est plus faible chez les patients recevant des mTor comme immunosuppression d'entretien, mais l'introduction de mTor peut stopper ou ralentir l'évolution de la maladie de Kaposi ou de certains cancers cutanés déjà diagnostiqués.