La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF en mycologie clinique : avantages réels, écueils potentiels - 25/06/13

Doi : 10.1016/j.antinf.2013.04.001 
A. Alanio a, , b
a Laboratoire de parasitologie-mycologie, hôpital Saint-Louis, AP–HP, 1, avenue Claude-Vellefaux, 75475 Paris cedex 10, France 
b Université Paris Diderot-Paris 7, UFR de médecine Paris Diderot-Paris 7, 75205 Paris cedex 13, France 

Laboratoire de parasitologie-mycologie, hôpital Saint-Louis, AP–HP, 1, avenue Claude-Vellefaux, 75475 Paris cedex 10, France.

Résumé

La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF est un outil récent développé en microbiologie clinique pour l’identification des microorganismes après culture. Il est actuellement évalué pour l’identification des champignons pour lesquels les méthodes pré-analytiques sont plus compliquées qu’en bactériologie et où les bases de données actuelles sont en train d’évoluer au regard des modifications récentes de leur taxonomie. Les performances de la technique pour l’identification des Candida et Aspergillus spp. sont globalement bonnes quel que soit le système utilisé (Bruker/Biotyper, BioMérieux/Saramis, Andromas), avec la réserve que l’identification des levures rares semble inférieure. Les performances de l’identification des moisissures non Aspergillus (Mucorales, hyalohyphomycètes, phaehyphomycètes), des Geotrichum spp. et Trichosporon spp. restent à évaluer dans les différents systèmes à l’aide de large panels d’isolats cliniques bien identifiées au niveau de l’espèce. Pour les Cryptococcus spp., non seulement l’identification mais aussi le génotype sont possibles et utiles. L’identification fongique par MALDI-TOF va s’imposer en mycologie dans les années à venir. Cependant, l’amélioration de l’identification des champignons doit rester une priorité pour la prise en charge des infections fongiques invasives et pour l’étude de leur épidémiologie et doit passer par une amélioration constante des bases de données en comparaison aux méthodes moléculaires.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

MALDI-TOF mass spectrometry is a recent tool developed in clinical microbiology for the identification of microorganisms after culture. It is currently evaluated for the identification of fungi for which pre-analytical steps are more complex than for bacteria and for which the database are evolving in parallel to the modification of the fungal taxonomy. The accuracy of the technique for the identification of Candida and Aspergillus spp. are globally good regardless of the systems used (Bruker/Biotyper, BioMérieux/Saramis, Andromas). However, a lower accuracy is systematically observed for the identification of rare yeasts. The identification of non-Aspergillus molds (Mucorales, hyalohyphomycetes, phaehyphomycetes), Geotrichum spp. and Trichosporon spp. has to be tested on a large panel of clinical isolates well-identified at the species level. For Cryptococcus spp., identification and genotyping are possible and useful. MALDI-TOF mass spectrometry is going to replace classical identification tools in medical mycology within the next few years. However, a better fungal identification has to be a priority to improve the management of invasive fungal infections and to better study their epidemiology by constantly improving databases in comparison with molecular tools.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : MALDI-TOF, Spectrométrie de masse, Identification fongique, Levures, Champignons filamenteux, Cryptococcus, Bases de données, Test de sensibilité, Antifongiques

Keywords : MALDI-TOF, Mass spectrometry, Fungal identification, Yeasts, Filamentous fungi, Cryptococcus, Databases, Susceptibility testing, Antifungal drugs


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Vol 15 - N° 2

P. 71-82 - juin 2013 Retour au numéro
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