La plateforme « TMAs-Explorer » : un outil d’aide à la validation et à l’analyse des Tissue-Arrays pour le praticien

La technologie nouvelle des Tissue Arrays (TMA) apporte un outil performant pour l’évaluation et la validation des marqueurs en Immunohistochimie, mais soulève trois problèmes majeurs d’ordres distincts : — la représentativité d’échantillons de petite taille, dans des pathologies (cancers) où l’hétérogénéité de l’expression des marqueurs est la règle n’a en fait jamais fait l’objet d’une étude quantitative. Le protocole des triples prélèvements est actuellement proposé comme une alternative, — l’hétérogénéité tumorale dans la profondeur de l’échantillon, — la gestion et l’exploitation des données par le praticien. En fonction de cette problématique, nous avons conçu un concept interactif nouveau intégrant bases de données et de connaissances et modules de traitement : la Plateforme « TMAs-Explorer ».

Méthodologie : Une approche par TMA virtuel a été utilisée pour tester l’influence du choix de la zone à prélever (taille/position) lors de la construction du TMA, reposant sur l’hypothèse de l’hétérogénéité clonale des tumeurs et du statut prolifératif différent qui en découle. Une stratégie d’échantillonnage comprenant l’annotation des coupes par le pathologiste, la prise en compte de l’architecture tissulaire par l’étude de la sociologie cellulaire et les indices de prolifération, est ici proposée.

Matériel et Techniques : — Annotation des coupes par le pathologiste : une coupe histologique classique colorée par H.E.S de chaque échantillon tumoral fixé au formol et inclus en paraffine, a été scannée au moyen du système AcCellTM (SAMBA technologies), puis annotée suivant une ontologie du cancer colorectal implémentée sur la plate-forme ; 1 à 5 zones d’intérêt histologique par coupe ont été déterminées. — Étude immunohistochimique de la prolifération cellulaire : elle a été pratiquée suivant la technique en peroxydase classique au moyen de l’anticorps Ki-67 (DAKO) révélé par DAB et couplée avec une coloration argentique pour les Ag-NOR. — Sociologie cellulaire : reposant sur la théorie des graphes et la notion de voisinage, ces données combinées avec celles des indices de prolifération ont permis de préciser les zones d’intérêt à étudier.

Résultats et Discussion : L’ensemble de la plate-forme « TMAs-Explorer » sera présentée : elle intègre des bases de données (patients, cliniques, protocoles cytologiques, images, cyto/histo-métrie, TMA) et de connaissances (ontologies des pathologies, marqueurs tumoraux), des modules de traitement et d’analyse d’images et de données pour faciliter la conception, l’analyse et l’interprétation des TMAs. L’annotation informatisée des lames de cancer du côlon repose sur une ontologie de la pathologie du cancer colique alimentant la base de connaissances. Le protocole d’annotation sera présenté et l’ontologie correspondante sera proposée. Le concept de TMA virtuel sera développé et les résultats de simulations de stratégies d’échantillonnage par mise en œuvre de ce concept seront discutés. Nous illustrerons l’apport des paramètres de la sociologie cellulaire des cellules en prolifération dans la définition d’un protocole d’échantillonnage des zones d’intérêt pour la conception des blocs TMA. Finalement nous discuterons sur les outils de contrôle de l’hétérogénéité de la tumeur dans la profondeur des prélèvements TMA.