Le côlon joue un rôle essentiel dans le stockage et dans la propulsion des matières fécales. Son temps de transit correspond à environ 80 % du temps de transit oro-anal. C'est au niveau de cet organe que s'achève l'absorption de l'eau et des électrolytes et que se forment les matières fécales qui vont être ensuite stockées dans l'ampoule rectale en vue de leur élimination lors de la défécation. Le côlon et le rectum sont constitués de muscles lisses à commande involontaire dont la motricité est contrôlée par les systèmes nerveux entérique et végétatif. Le canal anal, quant à lui, comprend deux sphincters d'origine embryologique différente : le sphincter anal interne (muscle lisse) et le sphincter anal externe (muscle strié). Il est soumis à un contrôle nerveux complexe impliquant à la fois le système nerveux somatique (pour le sphincter anal externe) mais également les systèmes nerveux végétatif et entérique (pour le sphincter anal interne). La coordination de la motricité recto-anale est essentielle au maintien de la continence fécale. Ce processus repose sur : l'existence d'une riche innervation sensitive au niveau de la partie haute du canal anal, nécessaire à l'analyse du contenu fécal ; les propriétés viscoélastiques du rectum qui lui permettent d'assurer sa fonction de réservoir ; le système résistif, constitué des sphincters et du muscle releveur de l'anus, capable de s'opposer au passage des matières fécales. Tout dysfonctionnement de la motricité colique et/ou de la motricité recto-anale, d'origine musculaire ou nerveuse, peut être à l'origine d'incontinence ou de constipation. Ces pathologies particulièrement invalidantes peuvent être diagnostiquées par diverses méthodes d'exploration.