Les bactéries anaérobies strictes font partie de tous les microbiotes humains. Lorsqu'elles quittent leur territoire originel, elles peuvent se comporter comme des pathogènes opportunistes et être responsables d'infections sévères, de contiguïté, le plus souvent polymicrobiennes. Les bactéries anaérobies agissent alors en synergie avec les bactéries aérobies pour conduire à des infections mixtes, cela grâce à leurs facteurs de virulence. Des infections monomicrobiennes sévères sont également dues à des bactéries anaérobies. Bien que majoritairement d'origine endogène, les infections à bactéries anaérobies peuvent également être d'origine exogène comme c'est le cas pour le botulisme et le tétanos par exemple. La taxonomie des bactéries anaérobies est en perpétuelle évolution. Les pathogènes humains majeurs sont les Bacteroides du groupe fragilis, Fusobacterium spp., Prevotella spp. et Porphyromonas spp. pour les bacilles à Gram négatif, les Clostridium spp. et Propionibacterium spp. pour les bacilles à Gram positif, Finegoldia magna et Parvimonas micra pour les cocci à Gram positif et les bactéries du genre Veillonella pour les cocci à Gram négatif. Ces bactéries peuvent être identifiées par des méthodes phénotypiques incluant l'épreuve des taxodisques, la réalisation de galeries d'identification et la spectrométrie de masse ou par des méthodes génotypiques. Les protocoles d'antibiothérapie probabiliste doivent tenir compte de la localisation de l'infection et du niveau de résistance connu des espèces de bactéries anaérobies impliquées. Ainsi, en cas d'infection digestive, l'antibiothérapie doit être efficace sur les Bacteroides du groupe fragilis ; en cas d'infection respiratoire, sur les Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium et les cocci à Gram positif. Dans certains cas, la sensibilité aux antibiotiques doit être évaluée, celle-ci est alors le plus souvent déterminée par une méthode de diffusion en gélose utilisant des disques ou des bandelettes imprégnés d'antibiotiques actifs sur les bactéries anaérobies. Parmi les bactéries anaérobies, les espèces du groupe Bacteroides fragilis sont considérées comme les plus résistantes aux antibiotiques. Enfin, l'association très fréquente à des bactéries aérobies doit également être considérée.