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Noninvasive detection of fetal trisomy 21 by sequencing of DNA in maternal blood: a study in a clinical setting - 19/08/11

Doi : 10.1016/j.ajog.2010.12.060 
Mathias Ehrich, MD a, Cosmin Deciu, MSc b, Tricia Zwiefelhofer b, John A. Tynan, DPhil b, Lesley Cagasan, MSc b, Roger Tim, DPhil b, Vivian Lu b, Ron McCullough, DPhil b, Erin McCarthy b, Anders O.H. Nygren, DPhil b, Jarrod Dean b, Lin Tang, DPhil b, Don Hutchison, MSc b, Tim Lu, DPhil b, Huiquan Wang, DPhil b, Vach Angkachatchai, DPhil b, Paul Oeth, MSc b, Charles R. Cantor, DPhil a, Allan Bombard, MD a, Dirk van den Boom, DPhil a,
a Sequenom Inc, San Diego, CA 
b Sequenom Center for Molecular Medicine LLC, San Diego, CA 

Reprints: Dirk van den Boom, DPhil, Sequenom Inc, 3595 John Hopkins Ct., San Diego, CA 92121

Résumé

Objective

We sought to evaluate a multiplexed massively parallel shotgun sequencing assay for noninvasive trisomy 21 detection using circulating cell-free fetal DNA.

Study design

Sample multiplexing and cost-optimized reagents were evaluated as improvements to a noninvasive fetal trisomy 21 detection assay. A total of 480 plasma samples from high-risk pregnant women were employed.

Results

In all, 480 prospectively collected samples were obtained from our third-party storage site; 13 of these were removed due to insufficient quantity or quality. Eighteen samples failed prespecified assay quality control parameters. In all, 449 samples remained: 39 trisomy 21 samples were correctly classified; 1 sample was misclassified as trisomy 21. The overall classification showed 100% sensitivity (95% confidence interval, 89–100%) and 99.7% specificity (95% confidence interval, 98.5–99.9%).

Conclusion

Extending the scope of previous reports, this study demonstrates that plasma DNA sequencing is a viable method for noninvasive detection of fetal trisomy 21 and warrants clinical validation in a larger multicenter study.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Key words : circulating cell-free fetal DNA, massively parallel shotgun sequencing, maternal blood, NIPD, noninvasive prenatal diagnosis


Plan


 DISCLOSURE: All authors of this article are employees and shareholders of Sequenom, Inc. or its subsidiaries, and therefore, a potential conflict of interest exists.
 Cite this article as: Ehrich M, Deciu C, Zwiefelhofer T, et al. Noninvasive detection of fetal trisomy 21 by sequencing of DNA in maternal blood: a study in a clinical setting. Am J Obstet Gynecol 2011;204:205.e1-11.


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Vol 204 - N° 3

P. 205.e1-205.e11 - mars 2011 Retour au numéro
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