Le traitement d'éradication de H. pylori doit être d'emblée conçu comme incluant une première et une éventuelle deuxième ligne d'éradication en cas d'échec du premier traitement. Le contrôle d'éradication doit donc être systématique après le premier traitement et doit être expliqué au patient dès la prescription du premier traitement. Trois tests sont particulièrement indiqués pour le contrôle de l'éradication : l'histologie (quand l'endoscopie est cliniquement nécessaire) et le test respiratoire à l'urée marquée ont des performances comparables, la recherche d'antigènes dans les selles (HpSA) apparaît un peu moins performante. Dans les trois cas, il est recommandé de faire le test au moins 4 semaines après la fin du traitement d'éradication.

La sérologie avec deux prélèvements à 6 mois d'intervalle n'est pas recommandée en pratique courante, mais elle est utile pour contrôler l'efficacité des campagnes d'éradication dans les populations à risque de cancer, par exemple.

Helicobacter pylori (H. pylori) eradication treatment should always be thought of as a package which includes first and second line therapies together. So, testing of H. pylori eradication following first line treatment should always be performed and should be explained to the patient with the prescription of the triple therapy. For confirmation of H. pylori eradication both the urea breath test and the biopsy based test (when endoscopy is clinically indicated) are recommended. Stool antigen test is also an accurate test although it seems to have a lower diagnostic value after eradication treatment. Testing should be performed at least of 4 weeks after treatment. Serology with pre and 6 months post treatment samples is usually not recommended except in the case of H. pylori eradication campaign in populations at high risk for stomach cancer for instance.