La mucosectomie permet l'exérèse complète des lésions planes ou sessiles, bénignes ou malignes, de la muqueuse digestive. La résection passe au travers du plan sous-muqueux et, contrairement aux techniques de destruction, permet d'obtenir une pièce de résection, autorisant une étude histopathologique précise et complète des lésions. Cette technique a introduit le concept de résection endoscopique carcinologiquement satisfaisante. En cas de lésion maligne, des critères histopathologiques permettent de moduler l'attitude thérapeutique, résection endoscopique ou chirurgicale, en fonction de la profondeur de l'atteinte pariétale, donc du risque d'extension ganglionnaire et métastatique (au mieux évalué par l'endosonographie), de son extension latérale et de l'organe considéré. Dans la majorité des cas, lorsque la lésion atteint ou franchit la sous-muqueuse, le recours à une chirurgie d'exérèse est nécessaire. L'évaluation préthérapeutique de la lésion est donc capitale. La qualité du traitement et de l'étude anatomopathologique de la pièce de résection l'est également. Différentes techniques de résection ont été décrites, mais toutes comportent trois étapes principales : repérer et marquer la périphérie de la lésion ; la décoller par rapport au plan musculaire ; réséquer celle-ci en suivant le plan sous-muqueux. La mucosectomie permet une résection complète, carcinologique, des lésions superficielles du tube digestif avec un taux de succès de 80 à 90 %. Les complications sont rares, en général contrôlables endoscopiquement : clips pour arrêter une hémorragie ou traiter une perforation limitée ; dilatations pour les sténoses œsophagiennes.