Las pielonefritis agudas complicadas (PNA secundarias) pueden aparecer de entrada o durante la evolución de una PNA. Las distintas complicaciones son los abscesos renales, el absceso perinefrítico, la pionefrosis, la pielonefritis enfisematosa, la pielonefritis xantogranulomatosa, la malacoplasia renal y la pielonefritis crónica. Los cuadros clínicos son variables y van del dolor lumbar al shock séptico. El diagnóstico se basa en la mayoría de las ocasiones en la tomografía computarizada (TC) con contraste. La evolución de las formas complicadas siempre es grave si no se aplica tratamiento. Éste, que suele ser urgente, consiste en antibióticos adecuados y medidas de reanimación. A veces se asocia a un tratamiento quirúrgico específico.