Le principe des tests respiratoires à l'hydrogène repose sur le fait qu'il n'existe pas d'autre source d'hydrogène chez l'homme que celle issu du métabolisme bactérien des sucres indigestibles. Ces méthodes simples, peu invasives et d'un coût très limité en font des examens attractifs pour le diagnostic de l'intolérance au lactose, de la pullulation microbienne intestinale ou encore pour mesurer le temps de transit orocæcal. Les tests respiratoires à l'hydrogène sont parfois peu contributifs, en particulier quand les bactéries intraluminales ne produisent pas d'hydrogène, l'utilisent pour produire du méthane, ou que la flore est transitoirement détruite, après une antibiothérapie ou une préparation pour la coloscopie. Du fait des difficultés d'interprétation, les tests respiratoires à l'hydrogène doivent suivre une méthodologie rigoureuse, rappelée lors de la dernière conférence de consensus internationale en 2010, pour répondre à des questions précises. Enfin, leur utilité pour expliquer des symptômes attribués au syndrome de l'intestin irritable reste encore très controversée.