El carácter crónico y recidivante de la enfermedad de Crohn hace que al menos el 80% de los pacientes deba someterse a intervenciones quirúrgicas en algún momento de su vida. Este riesgo depende de la localización de la enfermedad, y es mayor cuando ésta afecta al intestino delgado que en los casos de compromiso colorrectal. El cirujano siempre debe tener presente que el riesgo de recidiva obliga a respetar el principio de la conservación del intestino. La corticoterapia y la desnutrición son dos factores de riesgo de morbilidad postoperatoria. Las lesiones del intestino delgado se tratan con resecciones o plastias de las estenosis. Las indicaciones de las primeras son las estenosis, las tumoraciones inflamatorias y las fístulas sintomáticas, después del fracaso del tratamiento médico. La presencia de un absceso es indicación para la punción o el drenaje efectuados bajo control radiológico. La intervención se hace de forma programada, tras una breve demora si persisten los síntomas secundarios a la obstrucción o a la fístula, asociados tan a menudo a la enfermedad. Las indicaciones de las plastias de las estenosis son las afectaciones difusas con estenosis a distintas alturas, las estenosis en pacientes que ya han sido sometidos a resecciones intestinales y las recidivas precoces en forma de estenosis en los años siguientes a una extirpación. Las lesiones colorrectales se tratan, según su extensión, con colectomías segmentarias o subtotales o con coloproctectomías totales e ileostomía. La coloproctectomía total con anastomosis ileoanal está contraindicada en la enfermedad de Crohn. La indicación principal de la colectomía de urgencia es la colitis grave que no responde al tratamiento médico o, en casos más raros, una perforación del colon o una hemorragia grave. Fuera de las situaciones de urgencia, las indicaciones principales son las colitis que no responden al tratamiento médico, las lesiones estenosantes sintomáticas o las estenosis infranqueables con el endoscopio. En los casos de enfermedad de Crohn de más de 15-20 años de evolución, la presencia de displasia o de un cáncer es una indicación formal para la cirugía. Las ostomías de derivación desempeñan un papel limitado en esta enfermedad.