La cristallurie désigne la présence de cristaux dans les urines. Elle est la conséquence d'une sursaturation urinaire excessive à l'origine de complications rénales telles que lithiase, néphrocalcinose, insuffisance rénale aiguë ou chronique susceptible d'évoluer vers le stade terminal. Cependant, la cristallurie n'est pas en soi un marqueur pathologique. La distinction entre une cristallurie « physiologique » et une cristallurie « pathologique » tient à la reconnaissance des différents critères qui la caractérisent : pH de l'urine, nature des cristaux, faciès cristallin, abondance, agrégation, mais aussi fréquence de la cristallurie appréciée par la répétition de l'examen sur des prélèvements sériés et, bien entendu, au contexte clinique : lithiase, néphrocalcinose, altération de la fonction rénale. Le choix du prélèvement et la phase préanalytique qui précède l'examen sont particulièrement critiques pour la validation des résultats au plan clinique. En pratique courante, la première urine du réveil est sans doute le meilleur prélèvement pour évaluer, au travers de la cristallurie, les principaux facteurs métaboliques cristallogènes et potentiellement lithogènes. Dans tous les cas, la conservation du prélèvement ne devrait pas excéder deux heures entre la miction et l'examen microscopique des cristaux afin d'éviter la formation in vitro de cristaux pendant la période de conservation. La cristallurie permet le dépistage simple et rapide de pathologies lithogènes monogéniques, d'expliquer des insuffisances rénales aiguës d'origine cristalline (médicaments ou molécules métaboliques), d'orienter le clinicien vers les principaux facteurs métaboliques urinaires responsables des maladies lithiasiques et enfin d'apprécier l'efficacité des mesures prophylactiques mises en œuvre pour la prévention des récidives. Dans le suivi des pathologies lithiasiques, l'examen de la cristallurie sur la première urine du réveil est de loin le meilleur indicateur pronostique de la récidive de lithiase, offrant la possibilité au clinicien d'intervenir avant la formation de nouveaux calculs. L'examen de la cristallurie est donc d'un apport majeur dans le diagnostic et la prise en charge thérapeutique de nombreuses pathologies lithogènes ou génératrices d'insuffisance rénale par cristallisation intratubulaire et devrait donc faire partie de tout bilan étiologique d'une pathologie cristalline de l'appareil urinaire.