La cytométrie en flux (CMF) permet une analyse rapide, fiable et simultanée de diverses caractéristiques cellulaires sur toutes suspensions cellulaires : prélèvements sanguins, médullaires et liquides de ponction (lombaire, ganglionnaire, pleurale, ascite). Il s'agit d'un outil particulièrement puissant qui nécessite une approche expérimentale parfois complexe et une analyse pointue des données. Les cytomètres en flux actuellement disponibles assurent une analyse multiparamétrique des cellules avec, d'une part, des paramètres de morphologie (taille et structure), et d'autre part des paramètres de fluorescence spécifique grâce à l'utilisation d'anticorps monoclonaux couplés à des fluorochromes et dirigés contre des antigènes (membranaires ou intracellulaires). En pratique quotidienne, les laboratoires d'hématologie peuvent avoir accès à des cytomètres en flux marqués CE (conformité européenne) pouvant analyser simultanément de cinq à dix « couleurs ». La CMF constitue dès lors une étape essentielle dans le diagnostic et le suivi de la majorité des hémopathies malignes. L'expression d'un marqueur d'immaturité, l'étude de la restriction isotypique, la perte d'expression d'un marqueur de lignée ou l'expression d'un marqueur aberrant sont des arguments faisant suspecter le caractère anormal d'une population cellulaire. L'immunophénotypage contribue ainsi à la caractérisation précise de la prolifération en identifiant la lignée dont elle dérive, en décrivant son stade de maturation ou en évaluant son pronostic. Ainsi, la CMF permet de classer l'hémopathie diagnostiquée selon son caractère aigu ou chronique et selon sa nature lymphoïde ou myéloïde. Enfin, la CMF a fait ses preuves en raison de son importante sensibilité pour le suivi de la maladie résiduelle.