Le diarree croniche (> tre scariche/die e/o flusso fecale > 200 g/die/> 4 settimane) hanno più cause. La fase clinica è essenziale. In assenza di una causa evidente, una colonscopia con ileoscopia terminale e biopsie è quasi sistematica e ciò consente la diagnosi di malattie che interessano la mucosa (tumori, malattie infiammatorie intestinali). L'orientamento clinico verso una malattia del pancreas indica, innanzitutto, un'ecografia e una TC. Carenze o manifestazioni sistemiche ricercano, per prima cosa, una celiachia. In assenza di orientamento, l'esame quantitativo delle feci e la ricerca di carenze consentono di classificare la diarrea (malassorbimento, enteropatia essudativa, diarrea acquosa [motoria, osmotica, secretoria]) e di scegliere i test diagnostici specifici. In assenza di un deterioramento generale, la diarrea correlata a disturbi funzionali intestinali è, probabilmente, la più comune, ma rimane una diagnosi di esclusione, come la rara diarrea fittizia.