La physiopathologie des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin s’articule autour de trois acteurs : la susceptibilité génétique, les facteurs environnementaux et la réponse immunitaire dérégulée conduisant à l’inflammation et aux lésions. Les variations épidémiologiques des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin observées dans le temps (incidence, prévalence) et dans l’espace suggèrent l’intervention de facteurs de risque environnementaux, mais seuls le rôle du tabac et de l’appendicectomie sont établis. Les études chez les jumeaux et l’existence de formes familiales de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin ont souligné l’importance des facteurs de risque génétiques. Depuis la découverte de NOD2/CARD15, de nombreux gènes ont été associés aux maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, impliqués entre autres, dans la réponse immunitaire innée et l’élimination des bactéries (autophagie) débouchant sur de nouvelles hypothèses physiopathologiques dont l’élément clé est la microflore intestinale. Une modification de celle-ci parallèlement aux modifications du mode de vie en rapport avec la modernisation de nos sociétés, pourrait expliquer en partie l’influence de l’environnement. L’amélioration de l’hygiène, surtout dans les premières années de vie, la modification des habitudes alimentaires et l’apparition de la pollution industrielle sont des facteurs de risque potentiels pouvant intervenir dans la physiopathologie des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, soit directement soit en influençant la composition de la flore intestinale.

Pathophysiology of inflammatory bowel diseases depends on the interaction between genetic susceptibility and environmental factors leading to a deregulated immune intestinal response resulting in bowel lesions. Epidemiologic variations of inflammatory bowel diseases with time (incidence, prevalence) and space suggest a role for risk environmental factors, but so far only smoking habits and appendectomy have been identified as influencing the risk of occurrence and the course of the diseases. Studies of monozygotic and dizygotic twins and the existence of familial aggregation are strong evidence for an important, but not exclusive, role for genetic susceptibility. Since the discovery of NOD2/CARD15 mutations, numerous genes have been associated with inflammatory bowel diseases, some of them involved in the regulation of innate immunity and cellular clearance of infectious agents (autophagy). Thus, new hypothesis include a key role of mucosal human microbiota which could be partly influenced by environmental factors generated by modern life. The improvement of life hygiene, the change of food composition and habits, the industrial pollution in developed countries, may influence, directly or by the way of modifying intestinal human microbiota, inflammatory bowel diseases risk occurrence.