Les autoanticorps sont à l'origine de la confirmation de nombreux rhumatismes inflammatoires ou de diverses connectivites : citons les facteurs rhumatoïdes et les antifilaggrine pour la polyarthrite rhumatoïde, les antiacides désoxyribonucléiques (ADN) natif et les anti-Sm pour le lupus systémique, les anticentromères et les anti-Scl70 et les sclérodermies, les antisynthétases et les polymyosites, les « anti-neutrophil cytoplasmic antibodies » (ANCA) et la maladie de Wegener, les anticardiolipine et les anticoagulants circulants et le syndrome des antiphospholipides.