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Annales d'Endocrinologie

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Le séquençage haut débit ciblé permet la détection de délétions larges somatiques inactivant des gènes suppresseurs de tumeur dans les corticosurrénalomes - 10/09/15

Doi : 10.1016/j.ando.2015.07.926 
S. Faillot, M. a, ⁎ , A. Jouinot, Deg ;Dr b, B. De La Villeon, Dr c, W. Luscap, Mme b, M. Neou, M. b, K. Perlemoine, Mme b, F. René-Corail, Mme d , B. Dousset, Pr e, E. Clauser, Pr f, X. Bertagna, Pr g, L. Groussin, Pr g, R. Libe, Dr g, J. Bertherat, Pr g, F. Letourneur, M. h, G. Assie, Pr i
a Institut Cochin, Inserm U1016, CNRS 8104, université Paris Descartes ; Assistance publique–Hôpitaux de Paris, Paris, France 
b Institut Cochin, Inserm U1016, CNRS 8104, université Paris Descartes, Paris, France 
c Institut Cochin, Inserm U1016, CNRS 8104, université Paris Descartes, département de chirurgie digestive et endocrinienne, hôpital Cochin ; département de chirurgie digestive, hôpital d’instruction des armées du Val de Grâce, Paris, France 
d Paris, France 
e Service de chirurgie digestive et endocrine, hôpital Cochin, Assistance publique–Hôpitaux de Paris, Paris, France 
f Unité d’oncogenetique, hôpital Cochin, Assistance publique–Hôpitaux de Paris, Paris, France 
g Institut Cochin, Inserm U1016, CNRS 8104, université Paris Descartes ; service d’endocrinologie, hôpital Cochin, Assistance publique–Hôpitaux de Paris, Paris, France 
h Plate-forme de séquençage et de génomique, Institut Cochin, Inserm U1016, CNRS 8104, Université Paris Descartes, Paris, France 
i Institut Cochin, Inserm U1016, CNRS 8104, université Paris Descartes ; service d’endocrinologie, hôpital Cochin, Assistance publique–Hôpitaux de Paris, Paris, France 

⁎Auteur correspondant.
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Résumé

Les corticosurrénalomes présentent des altérations somatiques récurrentes de certains gènes (principalement ZNRF3, CTNNB1, TP53, CDKN2A, RB1, TERT). Ce sont le plus souvent des mutations. Cependant certains gènes (ZNRF3, CDKN2A, RB1) peuvent être inactivés par de larges délétions homozygotes.

Objectif

Évaluer la possibilité de détecter les délétions larges par séquençage ciblé haut débit.

Méthode

Soixante-quinze corticosurrénalomes ont été analysés à la fois par puce SNP (Illumina), et séquençage haut débit (IonTorrent, LifeTechnologies) ciblant 15 gènes mutés dans les corticosurrénalomes, après capture par PCR (AmpliSeq, LifeTechnologies). Un programme spécifique développé en R, analyse :

– le séquençage : nombre de séquences pour tous les amplicons de chaque gène (profondeur) ;

– les SNP : nombre de copies d’ADN et ratio allélique.

Résultats

En séquençage ciblé, 11 délétions homozygotes sont identifiées (4 pour ZNRF3, 4 pour CDKN2A, 2 pour RB1, et 1 pour BAI1). 8/11 de ces délétions homozygotes sont identifiables par puce SNP, et 3 délétions homozygotes (ZNRF3, CDKN2A et BAI1) ne le sont pas (probable résolution insuffisante des puces). Parmi les 51 pertes chromosomiques identifiables en puce SNP (délétions hétérozygotes), 26 sont détectées en séquençage ciblé. Parmi les 28 gains chromosomiques larges identifiés en puce SNP, 23 sont détectés en séquençage ciblé. Cependant la détection des gains par séquençage est peu spécifique (70 faux positifs).

Conclusion

Au-delà de l’information de séquence, la profondeur du séquençage haut débit identifie les délétions homozygotes, et probablement les délétions hétérozygotes. Ceci permettra le développement d’outils de classification moléculaire des corticosurrénalomes par séquençage ciblé.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

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Vol 76 - N° 4

P. 322 - septembre 2015 Retour au numéro
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