Le dépistage néonatal systématique a commencé officiellement en France en 1972. Il est organisé par l'Association française pour le dépistage et la prévention des handicaps de l'enfant (AFDPHE) sous la tutelle du ministère de la Santé et de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés (Cnamts). Les caractéristiques en sont : pari réussi de la prévention parfaite d'une maladie sévère avec la disparition de l'encéphalopathie de la phénylcétonurie et la transformation à vie d'une maladie en une affection purement biologique ; défi réussi de la mise en place progressive d'un programme national de prévention offert à tous les nouveau-nés (1978 : hypothyroïdie congénitale, 1985 : drépanocytose outre-mer et 1995 : métropole de façon ciblée, 1995 : hyperplasie congénitale des surrénales [HCS], 2002 : mucoviscidose) ; liaison obligatoire entre dépistage et traitement, le dépistage n'ayant de justification que s'il assure à l'individu malade un bénéfice individuel immédiat et durable ; soutien permanent de la Cnamts qui finance en totalité le programme de dépistage ; couverture de 100 % des nouveau-nés et une prise en charge totale de tous les malades ; centralisation des résultats permettant un suivi épidémiologique de l'incidence de chaque maladie dépistée ; souci constant de suivre l'évolution médicale et technologique pour offrir ce type de prévention à d'autres maladies, en restant en adéquation avec les critères de dépistage édités par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) de Wilson : biologie moléculaire, spectrométrie de masse en tandem. Une sixième affection, la surdité permanente néonatale, a été introduite en 2012 mais avec une organisation distincte, sous la responsabilité des agences régionales de santé (ARS) et de l'Institut de veille sanitaire (InVS). Plus de 31 millions de nouveau-nés sont dépistés et 19 380 diagnostiqués, soit une naissance sur 1600 : phénylcétonurie 1963 (1:16283) ; hypothyroïdie congénitale 8281 (1:3400) ; HCS 993 (1:18671) ; drépanocytose 6262 (1:465 outre-mer ; 1:796 en métropole) ; mucoviscidose 1881 (1:4909). L'extension du dépistage à d'autres maladies héréditaires du métabolisme (déficit en acyl-CoA déshydrogénase des acides gras à chaîne moyenne [MCAD]) devrait intervenir, mais on est toujours en attente malgré les recommandations favorables de la Haute Autorité de santé (HAS), de la Cnamts et des sociétés savantes concernées.