Le développement de nouvelles méthodes d’analyse bio-informatique offre l’opportunité de ré-interpréter un grand nombre de données transcriptomiques antérieurement publiées [1Rung J., Brazma A. Reuse of public genome-wide gene expression data Nat Rev Genet 2013 ;  14 (2) : 89-99

Cliquez ici pour aller à la section Références]. Parmi ces nouvelles approches figure l’étude des réseaux de co-expression génique.

Une méta-analyse des réseaux de co-expression génique a été réalisée sur 2 larges sets de données transcriptomiques portant sur le glioblastome mésenchymateux et le glioblastome non mésenchymateux.

L’utilisation des gènes de référence CD14 pour les monocytes/macrophages et CD3d/CD3g/CD3e/CD3z pour les lymphocytes T a permis de cartographier dans chaque type de tumeur des réseaux de co-expression génique très significativement enrichis en transcrits spécifiques des monocytes/macrophages (p=8,20e^–15 ; p=1,50e^–19) ou des lymphocytes T CD8 (p=6,46e^–9 ; p=1,41e^–8). Dans le glioblastome mesenchymateux, le profil moléculaire des monocytes/macrophages présente deux particularités importantes : (i) une sur-représentation de gènes associés à la migration leucocytaire (p=1,49e^–8) et (ii) la présence des transcrits Alox5 et Alox5-AP signant une activation de la voie de synthèse des leukotriènes.

Notre étude montre la faisabilité d’une approche bio-informatique de microdissection virtuelle pour l’analyse moléculaire in situ de populations cellulaires intra-tumorales minoritaires. Nos résultats mettent en évidence les similitudes et spécificités de la réponse immune dans les deux grandes catégories de glioblastome.