S'abonner

Identification of the transcriptional regulators by expression profiling infected with hepatitis B virus - 01/02/16

Doi : 10.1016/j.clinre.2015.04.005 
Xiaoqiang Chai 1, Yanan Han 1, Jian Yang, Xianxian Zhao, Yewang Liu, Xugang Hou, Yiheng Tang, Shirong Zhao, Xiao Li
 College of Life Sciences, Sichuan University, Ministry of Education Key Laboratory for Bio-resource and Eco-environment, Sichuan Key Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology, 610064 Chengdu, PR China 

Corresponding author. Tel.: +86 028 854 127 38; fax: +86 028 854 127 38.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

pages 16
Iconographies 8
Vidéos 0
Autres 0

Summary

Background

The molecular pathogenesis of infection by hepatitis B virus with human is extremely complex and heterogeneous. To date the molecular information is not clearly defined despite intensive research efforts. Thus, studies aimed at transcription and regulation during virus infection or combined researches of those already known to be beneficial are needed.

Aims

With the purpose of identifying the transcriptional regulators related to infection of hepatitis B virus in gene level, the gene expression profiles from some normal individuals and hepatitis B patients were analyzed in our study.

Methods

In this work, the differential expressed genes were selected primarily. The several genes among those were validated in an independent set by qRT-PCR. Then the differentially co-expression analysis was conducted to identify differentially co-expressed links and differential co-expressed genes. Next, the analysis of the regulatory impact factors was performed through mapping the links and regulatory data. In order to give a further insight to these regulators, the co-expression gene modules were identified using a threshold-based hierarchical clustering method. Incidentally, the construction of the regulatory network was generated using the computer software.

Results

A total of 137,284 differentially co-expressed links and 780 differential co-expressed genes were identified. These co-expressed genes were significantly enriched inflammatory response. The results of regulatory impact factors revealed several crucial regulators related to hepatocellular carcinoma and other high-rank regulators. Meanwhile, more than one hundred co-expression gene modules were identified using clustering method.

Conclusions

In our study, some important transcriptional regulators were identified using a computational method, which may enhance the understanding of disease mechanisms and lead to an improved treatment of hepatitis B. However, further experimental studies are required to confirm these findings.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Plan


© 2015  Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Ajouter à ma bibliothèque Retirer de ma bibliothèque Imprimer
Export

    Export citations

  • Fichier

  • Contenu

Vol 40 - N° 1

P. 57-72 - février 2016 Retour au numéro
Article précédent Article précédent
  • Effects of miR-339-5p on invasion and prognosis of hepatocellular carcinoma
  • Yi-Lin Wang, Chi-mei Chen, Xiao-Ming Wang, Lu Wang
| Article suivant Article suivant
  • Learning curve and intra/interobserver agreement of transient elastography in chronic hepatitis C patients with or without HIV co-infection
  • Hugo Perazzo, Flavia F. Fernandes, João Carlos Soares, Juliana Fittipaldi, Sandra W. Cardoso, Beatriz Grinsztejn, Valdiléa G. Veloso

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’achat d’article à l’unité est indisponible à l’heure actuelle.

Déjà abonné à cette revue ?

Mon compte


Plateformes Elsevier Masson

Déclaration CNIL

EM-CONSULTE.COM est déclaré à la CNIL, déclaration n° 1286925.

En application de la loi nº78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, vous disposez des droits d'opposition (art.26 de la loi), d'accès (art.34 à 38 de la loi), et de rectification (art.36 de la loi) des données vous concernant. Ainsi, vous pouvez exiger que soient rectifiées, complétées, clarifiées, mises à jour ou effacées les informations vous concernant qui sont inexactes, incomplètes, équivoques, périmées ou dont la collecte ou l'utilisation ou la conservation est interdite.
Les informations personnelles concernant les visiteurs de notre site, y compris leur identité, sont confidentielles.
Le responsable du site s'engage sur l'honneur à respecter les conditions légales de confidentialité applicables en France et à ne pas divulguer ces informations à des tiers.


Tout le contenu de ce site: Copyright © 2024 Elsevier, ses concédants de licence et ses contributeurs. Tout les droits sont réservés, y compris ceux relatifs à l'exploration de textes et de données, a la formation en IA et aux technologies similaires. Pour tout contenu en libre accès, les conditions de licence Creative Commons s'appliquent.