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Whole Exome Sequencing (WES) et puces de génotypage pour l’exploration moléculaire de familles algériennes avec phénotype d’ataxie cérébelleuse autosomique récessive - 18/03/16

Doi : 10.1016/j.neurol.2016.01.292 
Wahiba Hamza 1, Lamia Ali Pacha 2, Tarik Hamadouche 3, Meriem Tazir 2, Michel Koenig 4, Traki Benhassine 5,
1 Laboratoire de biologie cellulaire et moléculaire, université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene, Bab Ezzouar, Algérie 
2 Service de neurologie et laboratoire de recherche en neurosciences, CHU, Alger Centre, Alger, Algérie 
3 Laboratoire de biologie moléculaire, université M’hamed Bougara, Boumerdès, Algérie 
4 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, CNRS/université de Strasbourg, Illkirch, France 
5 Laboratoire de biologie cellulaire et moléculaire, université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene, Bab Ezzouar, Algérie 

Auteur correspondant.

Résumé

Introduction

Les ataxies cérébelleuses autosomiques récessives (ARCA) sont des pathologies neurodégénératives complexes. Avec plus de 30 gènes associés et plus de 20 entités cliniques, le diagnostic étiologique est très ardu.

Objectifs

Identification et caractérisation fine et précise des altérations moléculaires responsables de phénotypes d’ARCA dans notre population.

Patients et méthodes

Des familles algériennes avec plusieurs atteints ont été explorées par puces de génotypage pour plusieurs atteints et un sain par famille allié au Whole Exome Sequencing (WES) d’un atteint par famille. Étant donné la transmission autosomique récessive de la maladie, l’analyse par puces permet de restreindre l’analyse des données du WES aux zones homozygotes communes aux atteints. La validation des mutations et de leur ségrégation dans les familles a été réalisée par séquençage Sanger.

Résultats

Nous sommes parvenus à identifier les altérations moléculaires ségrégeant dans chaque famille et avons identifié 3 nouvelles mutations dans 3 gènes différents. Une famille portait une mutation homozygote dans un gène associé à un phénotype d’ARCA, les autres familles portaient quant à elles des mutations dans des gènes liés à des syndromes rares, voire très rares, pour lesquels une ataxie a été décrite ou est décrite pour la première fois chez nos patients.

Discussion

L’approche utilisée est efficace car elle a permis d’identifier les mutations ségrégeant dans nos familles et responsables de syndromes rares, méconnus, présentant une ataxie de manière classique ou atypique. Dans la majorité des cas, ces mutations n’auraient pas été identifiées par les approches standards ce qui explique en partie pourquoi des patients avec phénotype d’ARCA restent sans diagnostic génétique.

Conclusion

Le séquençage d’exome est une approche puissante qui donne un aperçu de l’hétérogénéité des altérations moléculaires pouvant sous-tendre les phénotypes d’ARCA rencontrés dans notre population.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : Exome, ARCA, Algérie


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P. A123 - avril 2016 Retour au numéro
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