De nombreux micromycètes peuvent coloniser et infecter les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose. Les « levures noires » du genre Exophiala sont retrouvées chez 2 à 20 % de ces patients et des cas d’infections pulmonaires prouvées ont été décrits. L’espèce Exophiala dermatitidis représente plus de 90 % des souches isolées de ces patients.

L’objectif de ce travail a été de développer une technique de génotypage d’E. dermatitidis par analyse du polymorphisme de microsatellites, et de l’appliquer aux souches de patients atteints de mucoviscidose suivis au CHRU de Besançon colonisés par E. dermatitidis.

Treize marqueurs microsatellites ont été identifiés et testés sur un panel de cinq souches d’E. dermatitidis sans lien épidémiologique. Les fragments obtenus après PCR ont été analysés en analyse de fragments (polymorphisme de la taille des amplicons). Quatre cibles ont été sélectionnées et évaluées sur 25 souches d’E. dermatitidis sans lien épidémiologique (isolats cliniques et environnementaux), permettant la détermination du pouvoir discriminant de la méthode par le calcul de l’indice de Hunter D. La spécificité des PCR a été évaluée avec un panel de 11 souches d’espèces proches (Exophiala phaeomuriformis, Exophiala jeanselmei, Rhinocladiella similis).

Le pouvoir discriminant D du panel associant les 4 microsatellites sélectionnés a été de 0,94. Les cibles se sont révélées spécifiques d’E. dermatitidis, sans amplification des autres espèces.

L’étude sur une cohorte de 13 patients atteints de mucoviscidose avec 71 isolats d’E. dermatitidis (1 à 21 isolats par patient sur une période de 70 mois) a montré que chaque patient était colonisé par un seul clone d’E. dermatitidis. Un même clone a été identifié chez 7 patients sur 13.

La méthode de génotypage d’E. dermatitidis par polymorphisme des microsatellites s’est révélée discriminante et a permis la caractérisation des souches colonisant les patients atteints de mucoviscidose. L’existence d’un clone dominant commun parmi les souches isolées de patients et les souches environnementales de Franche-Comté appelle à une meilleure connaissance de l’environnement domestique de ces patients, afin d’identifier les sources environnementales à l’origine de leur colonisation pulmonaire par E. dermatitidis.