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Comment diagnostiquer des agents pathogènes de classe 3 dans un laboratoire P2 - 16/06/16

Doi : 10.1016/j.mycmed.2016.04.036 
M. Sabou 2, , M. Paz 1, P. Kahn 1, J. Denis 1, 2, A. Gschwend 3, T. Degot 3, T. Khouri 4, B. Moulin 5, R. Kessler 3, R. Herbrecht 6, E. Candolfi 1, 2, V. Letscher-Bru 1, 2
1 Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale, CHU de Strasbourg, France 
2 Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale, EA 7292, Strasbourg, France 
3 Service de Pneumologie, Nouvel Hôpital Civil, CHU de Strasbourg, France 
4 Service de Réanimation Médicale, Nouvel Hôpital Civil, CHU de Strasbourg, France 
5 Service de Nephrologie-Transplantation, Nouvel Hôpital Civil, CHU de Strasbourg, France 
6 Service d’Hématologie et d’Oncologie, Hôpital de Hautepierre, CHU de Strasbourg, France 

Auteur correspondant.

Résumé

En France, les mycoses exotiques sont des pathologies d’importation, peu fréquentes. Elles sont dues à des champignons qui sont des agents pathogènes de classe 3. Nous présentons deux observations où nous avons évité avec succès la manipulation en laboratoire P2 des cultures devenues positives.

Un homme de 66ans, greffé rénal sur néphropathie vasculaire, est admis pour anorexie et perte de poids importante (15kg en 2 mois). L’examen clinique révèle une masse pseudo-tumorale ulcérée du palais et l’apparition de lésions cutanées papulonécrotiques sur le visage. Le scanner thoracique révèle de multiples micronodules, principalement centrolobulaires, au sein d’un emphysème sévère. Le galactomannane aspergillaire est négatif dans le LBA, le sang et le LCR, mais positif sur la biopsie cutanée (index 4918). L’examen direct des biopsies palatines et cutanées montre des macrophages contenant des levures dont l’aspect est compatible avec Histoplasma capsulatum. Cette suspicion est confirmée par séquençage de la région ITS de l’ADN ribosomal réalisé sur l’échantillon de biopsie. L’anamnèse initiale ne mentionnait aucun voyage à l’étranger mais la notion de voyages en Afrique Centrale est apparue après le diagnostic, dont le dernier remonterait à plus de 15ans. Le patient traité par amphotéricine B liposomale, s’améliore transitoirement, puis décède 25jours après la biopsie diagnostique suite à un choc septique à Escherichia coli.

Un homme de 63ans, greffé bi-pulmonaire dans un contexte de BPCO, est hospitalisé pour des céphalées persistantes depuis plusieurs semaines. L’IRM cérébrale trouve des lésions frontales et temporales gauches ainsi qu’une lésion occipitale droite. L’examen direct de la biopsie cérébrale montre la présence de filaments mycéliens septés qui rappellent, par endroit, l’architecture d’un champignon exotique décrit comme agent d’abcès cérébraux : Cladophialophora bantiana. Même si l’anamnèse ne révèle qu’un seul voyage à Majorque il y a 2ans, il est décidé de ne pas manipuler la culture devenue positive et de réaliser un séquençage de la région ITS de l’ADN ribosomique sur l’échantillon d’abcès. Celui-ci confirme qu’il s’agit bien de C. bantiana. Le patient est traité par voriconazole, caspofungine et flucytosine et, pour l’instant, l’évolution à 8 semaines est favorable, bien qu’une intervention neurochirurgicale ait été exclue devant des abcès multiples et profonds.

Les mycoses exotiques sont des pathologies rares, pas toujours évoquées lorsque l’anamnèse ne révèle pas de voyage en zone d’endémie. Leur pronostic est tributaire du statut immunitaire du patient et de la précocité de la prise en charge diagnostique et thérapeutique. Le séquençage moléculaire réalisé directement sur l’échantillon peut être utilisé comme une approche diagnostique qui s’avère rapide, surtout lorsque des structures de type P3 ne sont pas disponibles.

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Vol 26 - N° 2

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